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[新手求助] 柔性扫描判断过渡态问题?

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发表于 2019-6-10 15:39:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师柔性扫描过渡态是这样的结果是不是证明没有过渡态?
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发表于 2019-6-10 16:17:55 | 显示全部楼层
如果柔性扫描的变量设计合理,算是一个指征。当然如果变量设计的不合理,就没有意义。有时需要二维甚至更高维度的扫描才能更好的佐证没有过渡态。

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 楼主| 发表于 2019-6-10 17:12:07 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2019-6-10 16:17
如果柔性扫描的变量设计合理,算是一个指征。当然如果变量设计的不合理,就没有意义。有时需要二维甚至更高 ...

好的,谢谢老师,柔性扫描出现了最高点,新的问题有出现了,用这个最高点作为初猜寻找过渡态发现两个分子逐渐远离?这是什么问题呀老师?

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发表于 2019-6-11 09:11:53 | 显示全部楼层
liuyjhx 发表于 2019-6-10 17:12
好的,谢谢老师,柔性扫描出现了最高点,新的问题有出现了,用这个最高点作为初猜寻找过渡态发现两个分子 ...

没有具体结构、细节、输出文件不好说。
确认计算级别合理,优化步长上限设小再试
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 楼主| 发表于 2019-6-11 09:36:33 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-11 09:11
没有具体结构、细节、输出文件不好说。
确认计算级别合理,优化步长上限设小再试

老师,这分别是我的扫描输出文件和最高点寻找TS输出文件,谢谢老师

柔性扫面输出文件.zip

3.01 MB, 下载次数: 22

最高点寻TS输出文件.zip

434.12 KB, 下载次数: 9

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发表于 2019-6-11 10:22:59 | 显示全部楼层
liuyjhx 发表于 2019-6-11 09:36
老师,这分别是我的扫描输出文件和最高点寻找TS输出文件,谢谢老师

你先优化出成键后的结构,然后把键长逐渐拉远。这个扫描曲线如果有最大点,而且结构像TS,再用这个点优化TS
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 楼主| 发表于 2019-6-11 10:53:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-11 10:22
你先优化出成键后的结构,然后把键长逐渐拉远。这个扫描曲线如果有最大点,而且结构像TS,再用这个点优化 ...

好的,谢谢老师

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 楼主| 发表于 2019-6-11 18:31:52 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-11 10:22
你先优化出成键后的结构,然后把键长逐渐拉远。这个扫描曲线如果有最大点,而且结构像TS,再用这个点优化 ...

老师我可以把距离直接拉长1埃,然后进行+,-扫描吗?还是必须逐渐从0.1~1.0埃?

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发表于 2019-6-12 20:00:51 | 显示全部楼层
liuyjhx 发表于 2019-6-11 18:31
老师我可以把距离直接拉长1埃,然后进行+,-扫描吗?还是必须逐渐从0.1~1.0埃?

不理解你的意图,你那样做没什么益处
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 楼主| 发表于 2019-6-12 20:07:12 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-12 20:00
不理解你的意图,你那样做没什么益处

老师就是把范围扩大,看能不能找到最高点作为找过渡态的初猜结构

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发表于 2019-6-12 20:47:19 | 显示全部楼层
liuyjhx 发表于 2019-6-12 20:07
老师就是把范围扩大,看能不能找到最高点作为找过渡态的初猜结构

意义不明
从平衡结构开始扫呗,你的做法怎么就扩大了
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 楼主| 发表于 2019-6-12 22:02:20 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-12 20:47
意义不明
从平衡结构开始扫呗,你的做法怎么就扩大了

好的谢谢老师
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