计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] 详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能

  [复制链接 Copy URL]

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112462

管理员

公社社长

46#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-31 15:22:05 | 只看该作者 Only view this author
qlyfe 发表于 2021-8-31 15:09
老师,用最新版Multiwfn产生的sTD-DFT任务中除了%maxcore一项外,在end前面还多了一个maxcore,请问这里的m ...

这是对TDDFT这个模块专门设置内存使用量的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

37

帖子

1

威望

1703

eV
积分
1760

Level 5 (御坂)

47#
发表于 Post on 2021-8-31 15:29:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-31 15:22
这是对TDDFT这个模块专门设置内存使用量的

明白了,谢谢老师

13

帖子

0

威望

1374

eV
积分
1387

Level 4 (黑子)

48#
发表于 Post on 2022-3-10 09:48:42 | 只看该作者 Only view this author
社长,我模仿你的自动生成高斯输入文件的out2gif,改成了自动生成ORCA输入文件的out2inp,但是运行就报错,可以帮忙看看是哪里的错吗?
#!/bin/bash
icc=0
nfile=`ls *.out|wc -l`
for inf in *.out
do
((icc++))
echo Converting ${inf} to ${inf//out/inp} ... \($icc of $nfile\)
Multiwfn ${inf} << EOF > /dev/null
100
2
12
11
${inf//out/inp}
0
q
EOF
done

202203100948237851..png (25.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

202203100948237851..png

13

帖子

0

威望

1374

eV
积分
1387

Level 4 (黑子)

49#
发表于 Post on 2022-3-10 10:40:37 | 只看该作者 Only view this author
forpaper 发表于 2022-3-10 09:48
社长,我模仿你的自动生成高斯输入文件的out2gif,改成了自动生成ORCA输入文件的out2inp,但是运行就报错, ...

这个问题解决了。
#!/bin/bash
icc=0
nfile=`ls *.out|wc -l`
for inf in *.out
do
((icc++))
echo Converting ${inf} to ${inf//out/inp} ... \($icc of $nfile\)
Multiwfn ${inf} << EOF > /dev/null
100
2
12
${inf//out/inp}
11
0
q
EOF
done
应该把${inf//out/inp}12和11命令的中间

46

帖子

0

威望

892

eV
积分
938

Level 4 (黑子)

50#
发表于 Post on 2022-4-1 13:53:34 | 只看该作者 Only view this author
老师,有在orca说明书里注意到  “The extrapolation method should only be used with verytight SCF. For open shell methods, additional caution is advised”, 是否意味着只有verytight SCF 才能很准确的使用外推法呢


外推.png (120.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

外推.png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112462

管理员

公社社长

51#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-1 23:52:19 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2022-4-1 13:53
老师,有在orca说明书里注意到  “The extrapolation method should only be used with verytight SCF. For ...

这个verytight是形容必须收敛精度较高,但并不是指关键词必须用verytightscf
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

1万

帖子

0

威望

7400

eV
积分
18164

Level 6 (一方通行)

52#
发表于 Post on 2022-4-2 00:20:45 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2022-4-1 06:53
老师,有在orca说明书里注意到  “The extrapolation method should only be used with verytight SCF. For ...

这个写法确实有一点歧义,very和tight之间加个空格就好了。我回头改一下
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112462

管理员

公社社长

53#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-26 08:31:46 | 只看该作者 Only view this author
今日更新的Multiwfn的产生ORCA输入文件功能增加了产生revDSD-PBEP86-D4泛函的输入文件的功能,此双杂化泛函在计算有机反应能和弱相互作用方面很好。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

39

帖子

0

威望

449

eV
积分
488

Level 3 能力者

54#
发表于 Post on 2023-12-9 00:33:20 | 只看该作者 Only view this author
请问老师如何利用multiwfn生成orca的S1激发态扫描输入文件呀?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112462

管理员

公社社长

55#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-9 05:35:15 | 只看该作者 Only view this author
jiahui 发表于 2023-12-9 00:33
请问老师如何利用multiwfn生成orca的S1激发态扫描输入文件呀?

Multiwfn目前不支持产生扫描任务的输入文件。自行看ORCA手册
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

28

帖子

0

威望

225

eV
积分
253

Level 3 能力者

56#
发表于 Post on 2024-10-5 21:23:37 | 只看该作者 Only view this author
请教:OCRA中的Relaxed Surface Scans是否只能输入内坐标,参考manual做柔性扫描时,把坐标换成笛卡尔坐标,直接报错了。有没有工具可以把xyz转换成ocra能识别的内坐标?
  1. ! r2SCAN-3c opt noautostart nopop
  2. %maxcore     1000
  3. %pal nprocs   4 end
  4. %geom SCAN
  5.         D 2 1 4 6 = 0.0,180.0,36
  6.         end
  7.      end
  8. * xyz   0   1
  9. C     -2.04766429    0.71162750    1.28594942
  10. H     -1.53077554   -0.24423317    1.28594942
  11. H     -3.13386501    0.68071929    1.28594942
  12. C     -1.38439691    1.86076975    1.28594942
  13. H     -1.90128565    2.81663042    1.28594942
  14. H     -0.29819618    1.89167796    1.28594942
  15. *
复制代码


报错 Segmentation fault
out 文件停止在 Evaluating the coordinates …

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112462

管理员

公社社长

57#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-6 01:30:36 | 只看该作者 Only view this author
yaoshi1206 发表于 2024-10-5 21:23
请教:OCRA中的Relaxed Surface Scans是否只能输入内坐标,参考manual做柔性扫描时,把坐标换成笛卡尔坐标 ...

那叫ORCA

此问题和本帖主题无关,应单独发帖,不要借帖子问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

28

帖子

0

威望

225

eV
积分
253

Level 3 能力者

58#
发表于 Post on 2024-10-6 20:23:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yaoshi1206 于 2024-10-6 20:25 编辑
sobereva 发表于 2024-10-6 01:30
那叫ORCA

此问题和本帖主题无关,应单独发帖,不要借帖子问

谢谢您的纠正和回复,这个问题我找到解决方式了,测试后用gzmt输入分子坐标,用ORCA做柔性扫描可以正常跑,您上面这个回贴一起给删了吧。

2

帖子

0

威望

33

eV
积分
35

Level 2 能力者

59#
发表于 Post on 2024-10-23 14:38:16 | 只看该作者 Only view this author
根据2024年10月17日版的更新,请问现在对于DLPNO-CCSD(T)为什么推荐def2-TZVPP基组而不是cc-PVTZ了?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112462

管理员

公社社长

60#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-24 12:25:50 | 只看该作者 Only view this author
孟祥泽 发表于 2024-10-23 14:38
根据2024年10月17日版的更新,请问现在对于DLPNO-CCSD(T)为什么推荐def2-TZVPP基组而不是cc-PVTZ了?

支持的元素多得多,而且直接有/J辅助基组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 12:28 , Processed in 0.258410 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list