对AICD包进行修改以使之适用于Gaussian 16

API_Studier

今天作者尝试用AICD来读取Gaussian 16的输出文件，但是在输出“Starting AICDextractsh”之后程序就退出了，并没有得到任何.pov文件。换用Gaussian 09则在输出“Starting AICDextractsh”之后便正常工作。看到论坛中 @X教授 也在论坛发布了这个帖子《[波函数分析求助] AICD渲染之后的图片以及读取Gaussian16输出文件问题》，最后没有这个解决问题。

后来分析g16和g09的.log输出文件发现主要区别在于，其中指定了AICD输出文件的那一行的写法不同：g09写作“ Writing AICD file "test.txt"”；而g16则多了一个词语，写作“ Writing AICD formatted file "test.txt"”。正是这多出来的一个词，导致了程序无法正确匹配识别输出文件的名称。把g16的log输出文件那一行中的“formatted ”这个单词去掉后，AICD即可正常运行。

但是为了避免每次输出都要改log文件的麻烦，作者还是尝试修改了AICD程序本身的脚本文件。分析发现在AICD-extract.pl文件中第274行（下文中标">"），指定了匹配输出文件的正则表达式：

1. ...
   
2. 
   
3.   if (/^ Initial command:/)
   
4.   {
   
5.     # print "state 1: Anfang eines neuen Jobs";
   
6.     close (ICDFILE) ;
   
7.     close (PDBFILE) ;
   
8.     close (LOGFILE) ;
   
9.     $job++ ;
   
10.     open (LOGFILE,"> $basename.$job.log") or die ("Die Datei "$basename.$job.log" kann nicht zum Schreiben ge鰂fnet werden: \n$!") ;
    
11.     open (PDBFILE,"> $basename.$job.pdb") or die ("Die Datei "$basename.$job.pdb" kann nicht zum Schreiben ge鰂fnet werden: \n$!") ;
    
12.     open (ICDFILE,"> $basename.$job.icd-raw") or die ("Die Datei "$basename.$job.icd-raw" kann nicht zum Schreiben ge鰂fnet werden: \n$!") ;
    
13.     print LOGFILE ;
    
14.   }
    
15. 
    
16. > elsif (/^ Writing AICD file "(.*)"/)
    
17.   {
    
18.     $aicd_filename = $1 ;
    
19.     print "Separate AICD-output in file: ", $aicd_filename, "\n";
    
20.     print LOGFILE;
    
21.     open (TENSORFILE, $aicd_filename) or die ("Die Datei "$aicd_filename" kann nicht zum Lesen ge鰂fnet werden: \n$!");
    
22.     Extrahiere_Gitterpunkte (TENSORFILE, ICDFILE, LOGFILE);
    
23.     close TENSORFILE;
    
24.   }
    
25. 
    
26. ...

复制代码

于是就将正则表达式相应地改为：

1. /^ Writing AICD.*?file "(.*)"/

复制代码

则无论是g09还是g16的log文件均可成功匹配。




另外，AICD的编译过程也颇费周折，作者在自己的ubuntu桌面服务器编译出来的AICD，所导出的图片中箭头很杂乱，就像这个帖子《[波函数分析求助] AICD渲染之后的图片以及读取Gaussian16输出文件问题》中描述的一样；在学校超算平台的红帽系统下编译则导出空pov文件，错误信息包含“Error in `AICD-rotate_mol': free(): invalid next size (fast): 0xblahblah”，和这个帖子《[波函数分析交流] 使用AICD 2.0绘制磁感应电流图》9楼用户所描述的类似。

最后的解决方法是采用了sob老师编译完的AICD程序包（参见上个帖子10楼），然后变更存储的程序起始路径。方法很简单，只要cd到程序目录下再运行一次make即可。在已经存在编译完的二进制文件的情况下，是不会重新编译的，而仅会变更存储的程序起始路径（例如在AICD这个shell脚本的第二行指定了变量：

1. AICD_BaseDir=/blah/blahblah/AICD-2.0.0

复制代码

）。





为了方便大家使用，特将编译完的、更改过的AICD包上传至此，使用方法为下载解压该压缩包后，再

1. cd AICD-2.0.0 && make

复制代码

随后添加假名等操作就不再赘述了。这样做之后，该AICD程序应当能正常工作，且同时支持g09和g16的输出文件。

wxhwbh

之前编译AICD的时候就各种不顺利，编译出来的程序经常输出0kb渲染文件。和原作者沟通后得知是编译器版本太高的问题（我用的是gcc 4.7）。遂换用gcc 4.4编译就没问题了。
另外作者当时给的程序包除了AICD2.0.0外还有个2.0.1，后者好像是专门对应Gaussian16的。
当时要是能看见楼主的教程可能也不会走这么多弯路了，楼主辛苦！

asl1994

修改完AICD-extract.pl之后，
虽然没有马上退出但还是没有渲染出来图片，结尾提示
File 'bzyne.T_160000_0.035_0_0_1_Aniso_4.2.Isoober.inc' line 24: Parse Error: No
triangles in triangle mesh.
Fatal error in parser: Cannot parse input.
Render failed
看inc里面的内容是
#declare Isooberflaeche =
mesh
{}

#declare Pfeile =
union
{}
在{}里确实没有任何内容
请问是怎么回事呢

snljty

刚发现这软件还有点挑，windows下输出文件的换行符不支持，要用dos2unix转成unix格式。虽然这点应该属于应用软件尝试把哈哈，不过一开始忽略了这件事了，结果输终端出了几行就退出了，也没报错，也没有输出文件。

Turylc

asl1994 发表于 2019-8-10 20:33
修改完AICD-extract.pl之后，
虽然没有马上退出但还是没有渲染出来图片，结尾提示
File 'bzyne.T_160000_ ...

请问您这个问题解决了吗？我也是在算单独几个轨道的时候就这样