计算化学中的一些常见不良写法和用词

jinaurum

码一下，谢谢老师

mfdsrax2

还有就是泛函一词也是混用，什么方法都叫泛函，像PM6，MP2，CCSD(T)这些不属于密度泛函理论的也叫做泛函

Uus/pMeC6H4-/キ

基组名称的问题确实不能轻视。刚发现CP2K里有一对很容易搞混的基组，一个是TZV2P-MOLOPT-PBE-GTH而另一个是TZVPP-MOLOPT-PBE-GTH，在cp2k-basis都能查到。前者定义的Rb [28s21p14d|4s3p2d]不如后者定义的Rb [30s20p15d5f|6s4p3d1f]基函数数量多。

另外还有一个疑惑，Los Alamos National Laboratory研发的系列赝势的首字母在正文中是大写L还是小写l？

sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-21 10:59
基组名称的问题确实不能轻视。刚发现CP2K里有一对很容易搞混的基组，一个是TZV2P-MOLOPT-PBE-GTH而另一个是 ...

不重要，但最好大写

sobereva

给本文新加了一节

20 不要迷惑性地描述分子动力学研究过程

我在答疑时经常看到问分子动力学问题的人用诸如这种描述：“我是按照em-nvt-npt-md的流程进行吗?”、“...模拟的步骤可以简化为：能量最小化--NPT控压--MD 就可以了吗？”、“...是在平衡时就要使用400K，还是eq是为常温，跑md时改变温度？”。这种表达方式极其糟糕，提问者都没搞清楚任务类型、系综、模拟流程之间的基本关系！要把概念、关系搞清楚：
(1)分子模拟的任务：常见的有能量极小化（energy minimization, em）、分子动力学（molecular dynamics, md）
(2)md用的常见系综：NVE、NVT、NPT
(3)物质的物理属性（如液体密度）的标准模拟流程：em->eq->prod。其中eq是平衡相（equilibrium phase）的简写，目的是通过做md让体系从不稳定状态达到实际研究条件下的稳定状态（势能、温度、密度、压力等方面）。之后的prod是产生相（production phase）的简写，这一部分的md从始至终体系都是已经处于充分平衡的状态，因此各种物理属性可以对prod阶段的各个时刻的瞬时属性求时间平均得到。
以上这些知识在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里有极为系统、具体、详细的讲解。显然搞清楚了以上逻辑和并列关系，就自然知道前面列举的“我是按照em-nvt-npt-md的流程进行吗?”这种描述是多么莫名其妙！本来NVT或NPT就是md任务用的系综的具体种类，哪能和md并列放在一起？写成比如em->eq(NVT)->eq(NPT)->prod(NPT)那还差不多（注意在绝大多数情况下eq(NVT)是完全多此一举，不要随便效仿某些误导性的教程做法！）。前面提到的“...还是eq是为常温，跑md时改变温度？”也是极度匪夷所思的描述！eq本来做的就是md任务，只不过是以让体系达到平衡为目的专门的称呼。eq和prod才是并列、先后顺序的关系！