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楼主 Author: 模拟小菜鸟
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[GROMACS] 求助,熔点的分子动力学模拟

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发表于 Post on 2021-6-19 20:42:50 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,请问:
1.模拟熔点是否可以应用在有机小分子上?
2.使用哪个命令可以模拟熔点?
3.可以计算复合物(即两种有机小分子的dimer)的熔点吗?
谢谢老师!!

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17#
发表于 Post on 2021-7-1 06:26:22 | 只看该作者 Only view this author
HJC 发表于 2021-6-19 20:42
各位老师,请问:
1.模拟熔点是否可以应用在有机小分子上?
2.使用哪个命令可以模拟熔点?

1 问题很奇怪。熔点是对于凝聚相而言的,没法对单个分子说。如果你说分子晶体的熔点那是可以的
2 没有现成的命令。必须各个温度下都进行MD,比较扩散系数
3 你先搞清楚熔点的物理意义是什么
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发表于 Post on 2022-10-2 22:15:51 | 只看该作者 Only view this author
你好!我按照你这个图来模拟正十四烷烃的沸点,求不同温度下的扩散系数,得到的扩散系数与温度之间的关系,这怎么确定沸点?

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发表于 Post on 2023-7-11 10:55:38 | 只看该作者 Only view this author
老师,想向您请教下,vasp计算熔点,使用固液共存,进行NPT系综,我看文献最终都会得到明显的固态(原子整齐排列)或液态(原子无规则),但是我导出POSCAR得到的无论温度如何,都是无规则的,想看您是否了解是什么原因,谢谢

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