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[GROMACS] 求助运行gmx gangle命令出现 Segmentation fault (core dumped)

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发表于 2019-6-24 11:17:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
命令如下:gmx gangle -f mapped.xtc -n bonded.ndx -g1 angle -group1 -oav -oall -oh
group选择0, Ctrl-D 后出现Segmentation fault (core dumped)
请问是哪里出错了呐? 搜狗截图19年06月24日1119_2.png

bonded.ndx

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mapped.xtc

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发表于 2019-6-25 03:56:58 | 显示全部楼层
我从来不用这个命令,也没感觉这个命令有什么价值(通过自写VMD脚本可以轻易实现),不过貌似是ndx文件定义的问题。诸如只保留前三个原子就能正常运行
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 楼主| 发表于 2019-6-25 09:36:57 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-25 03:56
我从来不用这个命令,也没感觉这个命令有什么价值(通过自写VMD脚本可以轻易实现),不过貌似是ndx文件定义 ...

我正在做Martini粗粒化,需要用这个命令进行映射,我在检查下文件看看
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