用自定义的table计算非键相互作用时出现越界提示而中断

dazhong_jl · 发表于 Post on 2019-6-24 11:57:28

本帖最后由 dazhong_jl 于 2019-6-24 12:35 编辑

提示如下：
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 1338 and 1333
at distance 54.108 which is larger than the table limit 51.500 nm.

模拟盒子边长30nm，看最后的轨迹也没看到提示的两个原子离得那么远。
系统提示增大table-extension，但是调到2000nm也同样出现越界警告，想请教各位，我该如何把体系中两个蛋白质限制在我想要的范围内，不出现如上提示。

dazhong_jl · 发表于 Post on 2019-6-24 12:51:51

模拟做的是用简化模型模拟两个蛋白质结合的过程，用了T-REMD加速采样

王寓于 · 发表于 Post on 2020-4-14 15:09:51

请问你是如何解决这个问题的？

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[GROMACS] 用自定义的table计算非键相互作用时出现越界提示而中断

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