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[GROMACS] 请问体系中含几个相同残基名的分子时如何分别计算msd

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发表于 2019-6-25 20:38:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
我的模拟体系中含有3个分子,残基名字都是MOL,如下图所示。
当用g_msd命令计算扩散系数时,由于3个分子在同一个组里,只能合在一起计算msd,请问大家如何单独计算每个分子的均方位移呢?谢谢解答。
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尊贵的地三鲜骑士

发表于 2019-6-25 21:06:25 | 显示全部楼层
自己写个索引组做不到吗?
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人(不爱吃地三鲜的话我们很难做朋友哦)

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 楼主| 发表于 2019-6-25 21:47:51 | 显示全部楼层
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-6-25 21:06
自己写个索引组做不到吗?

我尝试在index文件里分组了,但是,g_msd之后让选择组的时候还是只有MOL这一个名字,需要把gro文件里的3个分子用不同的名字表示吗?
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发表于 2019-6-26 02:59:14 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2019-6-25 21:47
我尝试在index文件里分组了,但是,g_msd之后让选择组的时候还是只有MOL这一个名字,需要把gro文件里的3 ...

用msd命令的时候用-n [你的索引文件的名字]
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 楼主| 发表于 2019-6-26 13:43:45 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-26 02:59
用msd命令的时候用-n [你的索引文件的名字]

好的,谢谢老师
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