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[Amber] QM/MM MD判断体系是否跑平稳的问题

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Level 3 能力者

发表于 2019-6-25 21:15:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
我做QM/MM MD后,利用RMSD判断体系是否跑平稳,但根据http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html去做,RMSD总是图2展现的样子,由于跑一次MD需要大概一个多月,我没有办法快速判断是哪里出错,请有经验的老师帮我看看,是我的MD脚本的问题,还是在VMD中设置的有问题

这是我做QM/MM MD时跑MD.in的输入文件

这是我做QM/MM MD时跑MD.in的输入文件

RMSD

RMSD

RMSD设置

RMSD设置

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发表于 2019-6-25 23:51:41 | 显示全部楼层
先做align,再做RMSD,另外所有原子的RMSD没有意义,一般只做溶剂中的大分子(如蛋白质)

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 楼主| 发表于 2019-6-26 10:47:48 | 显示全部楼层
好的,谢谢您

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发表于 2019-6-27 05:37:44 | 显示全部楼层
qm/mm的话,最好把qm部分的scf energy也画出来看看
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