“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办，这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会！请点击此链接查看详情和报名方式，欢迎参加！

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会！报名正在进行中，请点击此链接查看详情，欢迎参加！

捐赠本论坛 (Donate this site)

开启辅助访问切换到宽版

计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › QM/MM MD判断体系是否跑平稳的问题

返回列表 Return

发新帖

Views: 13104|回复 Reply: 5

打印 Print

上一主题 Last thread

下一主题 Next thread

[Amber] QM/MM MD判断体系是否跑平稳的问题

[复制链接 Copy URL]

78 帖子	0 威望	673 eV

积分: 751

Level 4 (黑子)

发消息 Send PM

电梯直达 Go to

跳转到指定楼层 Go to specific reply

楼主

发表于 Post on 2019-6-25 21:15:51 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

回帖奖励

|倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model

我做QM/MM MD后，利用RMSD判断体系是否跑平稳，但根据http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html去做，RMSD总是图2展现的样子，由于跑一次MD需要大概一个多月，我没有办法快速判断是哪里出错，请有经验的老师帮我看看，是我的MD脚本的问题，还是在VMD中设置的有问题

1.png (17.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 417)

这是我做QM/MM MD时跑MD.in的输入文件

这是我做QM/MM MD时跑MD.in的输入文件

2.png (19.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 424)

RMSD

RMSD

3.png (26.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 421)

RMSD设置

RMSD设置

收藏 Add to favorites0

回复 Reply

1175 帖子	7 威望	6910 eV

积分: 8225

Level 6 (一方通行)

发消息 Send PM

2^#

发表于 Post on 2019-6-25 23:51:41 | 只看该作者 Only view this author

先做align，再做RMSD，另外所有原子的RMSD没有意义，一般只做溶剂中的大分子（如蛋白质）

回复 Reply

78 帖子	0 威望	673 eV

积分: 751

Level 4 (黑子)

发消息 Send PM

3^#

楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-26 10:47:48 | 只看该作者 Only view this author

好的，谢谢您

回复 Reply

269 帖子	1 威望	3030 eV

积分: 3319

Level 5 (御坂)

发消息 Send PM

4^#

发表于 Post on 2019-6-27 05:37:44 | 只看该作者 Only view this author

qm/mm的话，最好把qm部分的scf energy也画出来看看

回复 Reply

4 帖子	0 威望	475 eV

积分: 479

Level 3 能力者

发消息 Send PM

5^#

发表于 Post on 2020-11-30 16:44:32 | 只看该作者 Only view this author

请问你在跑完MD后，QM部分收敛了吗

回复 Reply

78 帖子	0 威望	673 eV

积分: 751

Level 4 (黑子)

发消息 Send PM

6^#

楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-25 10:37:17 | 只看该作者 Only view this author

xj1318850094 发表于 2020-11-30 16:44
请问你在跑完MD后，QM部分收敛了吗

收敛了的，Gaussian输出文件会显示Normal

回复 Reply

返回列表 Return

发新帖

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-23 23:38 , Processed in 0.186652 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list