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[GROMACS] 用acpype.py 可以构建离子化合物的拓扑文件吗

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发表于 2019-6-25 23:55:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
我用高斯优化了CaCl2的结构,保存为cacl.mol2,然后用 ./acpype.py -i cacl.mol2 命令执行,结果出错,不知道什么原因,请老师看一下附件,指导一下,谢谢我还尝试了其他的物质,水,可以正常运行。





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输出的命令

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发表于 2019-6-26 02:52:25 | 显示全部楼层
这种情况根本就不适合用acpype
你应当把Ca2+和Cl-直接当成离子,离子的信息在gmx自带的力场文件中都有,直接用就完了
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 楼主| 发表于 2019-6-26 08:35:34 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-26 02:52
这种情况根本就不适合用acpype
你应当把Ca2+和Cl-直接当成离子,离子的信息在gmx自带的力场文件中都有,直 ...

好的  老师 我试试
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