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[GROMACS] 求助:使用acpype.py对氯化胆碱的阳离子部分生成拓补文件时错误

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使用acpype.py对氯化胆碱的阳离子部分生成拓补文件时错误,具体错误信息在“详细信息.txt”,还请各位指教。

chcl.mol2

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详细信息.txt

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发表于 Post on 2019-7-4 17:47:59 | 只看该作者 Only view this author
./acpype.py -i chcl.mol2 -n 1

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-4 19:09:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-4 17:47
./acpype.py -i chcl.mol2 -n 1

感谢老师的指导

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发表于 Post on 2019-7-5 14:54:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 少年爱吃地三鲜 于 2019-7-5 15:06 编辑
sobereva 发表于 2019-7-4 17:47
./acpype.py -i chcl.mol2 -n 1

老师,我想用acpype产生聚合物基于GAFF力场的文件时,已经修改了Ar为ar还是出现问题,请问这是什么原因?

详细内容.txt

2.76 KB, 阅读权限: 30, 下载次数 Times of downloads: 4

debug

Polystyrene.mol2

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结构

由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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发表于 Post on 2019-7-5 16:54:44 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-7-5 14:54
老师,我想用acpype产生聚合物基于GAFF力场的文件时,已经修改了Ar为ar还是出现问题,请问这是什么原因? ...

你的mol2里没有ar。苯环里C-C都成了单键了,和实际严重不符
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-7-5 17:18:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-5 16:54
你的mol2里没有ar。苯环里C-C都成了单键了,和实际严重不符

我明白了,调整后确实好了!感谢老师指导!!
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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