计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 20114|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[建模与可视化] VMD里能设置每一种元素的颜色吗?

[复制链接 Copy URL]

9

帖子

0

威望

671

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

如题,用VMD作图时,颜色设置为name或element,总有些不同元素原子的颜色相同无法区分,如图中红色圈中怎么对每种元素预设成指定的颜色。我知道color controls里可改,但可选择的颜色有限。

Gau-HOMO%orb000001.jpg (346.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 105)

Gau-HOMO%orb000001.jpg

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-7-5 12:52:17 | 只看该作者 Only view this author
先指定一种内置的color,然后在graphics - colors界面下方的color definitions里调节那个color的具体定义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

513

帖子

0

威望

4398

eV
积分
4911

Level 6 (一方通行)

truffle

3#
发表于 Post on 2019-7-5 12:55:07 | 只看该作者 Only view this author
Graphics→Colors→Categories→Element
                        →Color Definations 选一种颜色,调右边RGB
这是对不同元素设置颜色的方法,也可以Graphical Representations中选部分原子用Color ID改颜色
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

113

帖子

0

威望

1822

eV
积分
1935

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2019-7-9 15:52:24 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-7-5 12:55
Graphics→Colors→Categories→Element
                        →Color Definations 选一种颜色,调右 ...

谢谢,跟您学了一招

9

帖子

0

威望

671

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 10:36:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-5 12:52
先指定一种内置的color,然后在graphics - colors界面下方的color definitions里调节那个color的具体定义

谢谢社长。想知道有没有适合批处理的语句,VMD启动时预设好每种元素不同的颜色,要不然每次作图都要单独设置。

9

帖子

0

威望

671

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 10:37:34 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-7-5 12:55
Graphics→Colors→Categories→Element
                        →Color Definations 选一种颜色,调右 ...

谢谢,嗯,每次作图都要设置一下,有没有批量处理的设置方式?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2019-7-10 20:21:01 | 只看该作者 Only view this author
hao123123 发表于 2019-7-10 10:36
谢谢社长。想知道有没有适合批处理的语句,VMD启动时预设好每种元素不同的颜色,要不然每次作图都要单独 ...

File - Log commands to tcl console,然后修改颜色,把屏幕上显示的对应的命令复制到vmd.rc文件里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

671

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-11 09:33:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-10 20:21
File - Log commands to tcl console,然后修改颜色,把屏幕上显示的对应的命令复制到vmd.rc文件里

谢谢社长,按您方法设置成功了

110

帖子

0

威望

1007

eV
积分
1117

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2020-3-21 13:27:16 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-7-5 12:55
Graphics→Colors→Categories→Element
                        →Color Definations 选一种颜色,调右 ...

按你说的这种方式,原子颜色为啥没任何变化呢?

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2020-3-21 16:17:07 | 只看该作者 Only view this author
xiaowandouer 发表于 2020-3-21 13:27
按你说的这种方式,原子颜色为啥没任何变化呢?

着色依据可能没有设对

394

帖子

1

威望

5159

eV
积分
5573

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2020-3-23 09:01:47 | 只看该作者 Only view this author
修改\VMD\scripts\vmd目录下的colordefs.dat文件即可,该文件结构非常简单也具有自明性,一看就知,把Element着色方法改好,每次选Element着色方式就行了,不要一个一个手动改的。缺点就是只能使用VMD里预先定义好的颜色,不能对颜色进行微调。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
sobereva + 2

查看全部评分 View all ratings

3

帖子

0

威望

67

eV
积分
70

Level 2 能力者

12#
发表于 Post on 2020-12-8 14:52:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-10 20:21
File - Log commands to tcl console,然后修改颜色,把屏幕上显示的对应的命令复制到vmd.rc文件里

社长您好,请问如何在VMD中显示元素符号,这个通过什么设置呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2020-12-8 23:12:19 | 只看该作者 Only view this author
Tian_yu 发表于 2020-12-8 14:52
社长您好,请问如何在VMD中显示元素符号,这个通过什么设置呢?

首先,你载入的文件格式必须含有元素信息,诸如pdb(而且是元素那一列没有缺失的情况)

然后用此文的做法显示所有原子标签
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

之后修改标签内容的定义


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

129

eV
积分
135

Level 2 能力者

14#
发表于 Post on 2021-3-31 10:36:21 | 只看该作者 Only view this author
xiaowandouer 发表于 2020-3-21 13:27
按你说的这种方式,原子颜色为啥没任何变化呢?

您好,原子颜色设置可以了吗?我的也没有反应,还是原来的颜色

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 21:27 , Processed in 0.270975 second(s), 30 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list