用Multiwfn和Surfer联用，画一张好看的Contour图

yjcmwgk

sob神的Multiwfn提供了广泛到难以想象的各种功能，把它和Gaussian结合在一起简直就是量子化学领域的泛用人型决战兵器（EVA），如果说我天天儿用Multiwfn那是夸张，如果说我周周儿用那绝对是事实！因此表示非常特别十分相当感谢！

以前我总用Origin画画儿，自认为画的也不丑，但是最近用Surfer感觉比Origin更舒服！
本来画画儿嘛，工具都是好工具，有人画出来就高大上，我画出来总有一股子乡村杀马特风。在画画里，其实技术和审美根本就不是一个维度上的问题。


准备工作：
（1）准备以下软件：Multiwfn(我用的是v3.6)、Surfer(我用的是v15.3.307)、Excel；（2）打开Multiwfn的settings.ini，把iuserfunc改为-1。

作图：
Step 1 把sample.cube拖进Multiwfn里，依次选择主选项4（Output and plot specific property in a plane）、选择次级选项100（User-defined real space function, iuserfunc= -1）、然后在三级选项中我喜欢1（Color-filled map），这个依个人喜好了。
Step 2 这一步就是要定你想要的截面了。当软件提示“How many grids in the two dimensions, respectively?”的时候，直接回车就是相当于“200,200”，否则就自己输入一个精度。然后软件提示“Please define the plane to be plotted”的时候，我这里直接选择了1，但是我更常用的是4或5，因为坐标未必适合于1-3选项。然后软件提示“Input Z value in Bohr”，我这里直接敲了0.0，因为我就是要截xoy面，经过原点。但是如果做别的cube就需要自己确定截面了。
Step 3 确认过图像，是自己想要的那个截面，就行了。退出图形预览界面，选择选项-8(Change length unit of the graph to Angstrom)，单位波尔被改为埃。然后选择-6（Export calculated plane data to plane.txt in current folder），获得文件plane.txt。至此，Multiwfn使命结束。
Step 4 Surfer是个神奇的软件，最方便的数据输入方式居然是xls。我们打开刚刚生成的plane.txt，通过“数据分列”功能，填充进Excel中。数据自动填入后，A和B列就是x/y坐标，D列就是函数值了。把这个文件存为sample.xls。
Step 5 打开surfer。使用功能Grids - Grid Data，在Open Data窗口中选择刚才的xls文件。X、Y、Z分别选择Column A、B、D。确定后，会提示你已经建立了一个扩展名为sample.grd的Grid File了，就在你的sample.xls同一文件夹内。当你试图关闭它的时候，软件会提示你要不要保存更改进Grid Data Report文件？你选择是就好了，存下它来。
Step 6 然后选择Home - Contour。然后打开刚才的sample.grd。然后你会获得一个没有填色的Contour图。然后在左侧Contents栏中的Contour.grd上点右键，选择Free Rotate，可以直接拖拽图形旋转，转到你喜欢的角度。我个人不喜欢上下左右四个边框，所以我会把Right/Left/Top/Bottom Axis全都关掉。
Step 7 在右下角的Properties选项中，依次做一些修改。先找General选项卡的Smoothing，按照你的喜好选择平滑化方案。
Step 8 还是在右下角的Properties选项中，换到Levels选项卡，将Min/Max Contour改为你喜欢的上下限。在Contour Interval中调整所有等值线的疏密，在Major contour every中调整粗等值线的疏密。然后Fills Contours中给Fill Contours和Color Scale打钩，然后在Fill Color中选择色型。然后在Major Contours和Minor Contours中分别设定大小线的线型、色型、宽度等。我个人不喜欢show lables，大家随意。
Step 9 此时可以输出一个非常好看的等值线图了。用File - Save As存一个srf文件以备后续修改，用File - Export输出一张顶好看的画儿。

这是我画的。



sample.cube在附件里。
sample.rar (2.8 MB, 下载次数: 11)

2019-7-9 05:54 上传

点击文件名下载附件

还能加好多效果进去“0”


感觉比我以前画的图要好看（？未必）
下面的图是以前画的：





实话说，这种二维的contour图跟三维的多重等值面图放在一起简直绝配。
以下内容百分之九十以上，copy了sob神的帖子(sobereva.com/216)，再次致谢：

任务：搞一个多重等值面剖面。你要用的等值面分别是-16,-8,-4,-2,-1,1,2,4共八个。另外注意，以下操作非常吃电脑，请尽量在一台性能还过得去的电脑上进行，否则会直接卡成幻灯片儿甚至直接报错退出。我用的VMD版本比较老，为1.8.7版，但其他版本的VMD操作也是大同小异。

Step 1 启动VMD，将cube文件拖入至VMD主窗口。
Step 2 选Graphics-representations，然后点Create Rep新建显示方式，Drawing Method改为Isosurface，Isovalue改为-16，Draw改为Solid surface，Show改为Isosurface，Coloring Method改为ColorID，并且选一种喜欢的颜色比如Mauve。在Step中，只要显卡能承受就一定要选1，这个数值越小，等值面越精细。
Step 3 重复Step 2，但是记得Isovalue和ColorID不要与Step 2相同。
Step 4 选Extensions-Visualization-Clipping plane tool，在Active Clipping Planes中选0，在Edit Clipping Planes也选0，取消Normal follow view复选框。这次要作的是平行于YZ平面的截面，所以把Normal(法矢量)改为1.0 0.0 0.0。如果用别的截面，就是直接写该截面的法矢量即可。如果你想要的平面不通过坐标原点(0.0, 0.0, 0.0)，那么就调整Distance值。
Step 5 然而这时候分子自身也被截断了。因此，我们不再使用当前的分子结构，在Graphics-representations的选框里，选择最上面的那个分子结构的条目，把Drawing Method改成Lines，以便它被后续的Step 6中新的分子结构所覆盖。
Step 6 再次把cube文件拖进VMD主窗口，可以看到VMD主窗口中就又多了一个ID，并且开头写着T(Top)字样。切换回Clip Tool窗口，把Active取消掉，此时分子结构就完整了。我们再修改分子结构显示方式。进入Graphics-representations，确认第一栏已经切换到了ID=1的体系，把显示方式改为CPK。Sphere Scale和Bond Redius都可以改到你喜欢的粗细程度，但是记得软件默认的Sphere Resolution和Bond Resolution都太糙了，一定要把它们改到30以上(如果显卡不能承受，也想办法尽量改到20以上)
Step 7 控制台窗口运行命令color Display Background white把背景改为白色。
Step 8 主窗口中选择display，设置你需不需要焦点透视(Perspective/Orthographic)，需不需要远景迷雾(Depth Cueing)，光源的位置等等。然后用鼠标左键拖拽当前图像，右键旋转当前图像，中间滚轮缩放当前图像，得到合适的位置即可出图。

pyscf

最后一张图像花生套娃... 好看谈不上 感觉有点奇葩

yjcmwgk

pyscf 发表于 2019-7-9 06:44
最后一张图像花生套娃... 好看谈不上 感觉有点奇葩

如果这么说的话，画画儿嘛，工具都是好工具，但是个人审美是问题 有人画出来高大上，我画出来总有一股子乡村杀马特风

hakuna

糖水&小清新

ABetaCarw

这个配色 好喜欢

qczgzly

好棒！（威望+1诶～）

lijiayisjtu

没找到 压缩文件 无法解压额。。

yjmaxpayne

小卒兄大作，顶一下哈。 配色不错，很喜欢。

Jasminer

确实，审美咋说了
自评挺贴切的，不丑，但总觉得有些非主流