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[波函数分析交流] 用Multiwfn和Surfer联用,画一张好看的Contour图

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发表于 2019-7-9 05:54:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yjcmwgk 于 2019-7-13 05:08 编辑

sob神的Multiwfn提供了广泛到难以想象的各种功能,把它和Gaussian结合在一起简直就是量子化学领域的泛用人型决战兵器(EVA),如果说我天天儿用Multiwfn那是夸张,如果说我周周儿用那绝对是事实!因此表示非常特别十分相当感谢!

以前我总用Origin画画儿,自认为画的也不丑,但是最近用Surfer感觉比Origin更舒服!
本来画画儿嘛,工具都是好工具,有人画出来就高大上,我画出来总有一股子乡村杀马特风。在画画里,其实技术和审美根本就不是一个维度上的问题。


准备工作:
(1)准备以下软件:Multiwfn(我用的是v3.6)、Surfer(我用的是v15.3.307)、Excel;(2)打开Multiwfn的settings.ini,把iuserfunc改为-1。

作图:
Step 1 把sample.cube拖进Multiwfn里,依次选择主选项4(Output and plot specific property in a plane)、选择次级选项100(User-defined real space function, iuserfunc= -1)、然后在三级选项中我喜欢1(Color-filled map),这个依个人喜好了。
Step 2 这一步就是要定你想要的截面了。当软件提示“How many grids in the two dimensions, respectively?”的时候,直接回车就是相当于“200,200”,否则就自己输入一个精度。然后软件提示“Please define the plane to be plotted”的时候,我这里直接选择了1,但是我更常用的是4或5,因为坐标未必适合于1-3选项。然后软件提示“Input Z value in Bohr”,我这里直接敲了0.0,因为我就是要截xoy面,经过原点。但是如果做别的cube就需要自己确定截面了。
Step 3 确认过图像,是自己想要的那个截面,就行了。退出图形预览界面,选择选项-8(Change length unit of the graph to Angstrom),单位波尔被改为埃。然后选择-6(Export calculated plane data to plane.txt in current folder),获得文件plane.txt。至此,Multiwfn使命结束。
Step 4 Surfer是个神奇的软件,最方便的数据输入方式居然是xls。我们打开刚刚生成的plane.txt,通过“数据分列”功能,填充进Excel中。数据自动填入后,A和B列就是x/y坐标,D列就是函数值了。把这个文件存为sample.xls。
Step 5 打开surfer。使用功能Grids - Grid Data,在Open Data窗口中选择刚才的xls文件。X、Y、Z分别选择Column A、B、D。确定后,会提示你已经建立了一个扩展名为sample.grd的Grid File了,就在你的sample.xls同一文件夹内。当你试图关闭它的时候,软件会提示你要不要保存更改进Grid Data Report文件?你选择是就好了,存下它来。
Step 6 然后选择Home - Contour。然后打开刚才的sample.grd。然后你会获得一个没有填色的Contour图。然后在左侧Contents栏中的Contour.grd上点右键,选择Free Rotate,可以直接拖拽图形旋转,转到你喜欢的角度。我个人不喜欢上下左右四个边框,所以我会把Right/Left/Top/Bottom Axis全都关掉。
Step 7 在右下角的Properties选项中,依次做一些修改。先找General选项卡的Smoothing,按照你的喜好选择平滑化方案。
Step 8 还是在右下角的Properties选项中,换到Levels选项卡,将Min/Max Contour改为你喜欢的上下限。在Contour Interval中调整所有等值线的疏密,在Major contour every中调整粗等值线的疏密。然后Fills Contours中给Fill Contours和Color Scale打钩,然后在Fill Color中选择色型。然后在Major Contours和Minor Contours中分别设定大小线的线型、色型、宽度等。我个人不喜欢show lables,大家随意。
Step 9 此时可以输出一个非常好看的等值线图了。用File - Save As存一个srf文件以备后续修改,用File - Export输出一张顶好看的画儿。

这是我画的。

05p.png

sample.cube在附件里。
sample.rar (2.8 MB, 下载次数: 11)

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发表于 2019-7-9 06:44:47 | 显示全部楼层
最后一张图像花生套娃... 好看谈不上 感觉有点奇葩

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 楼主| 发表于 2019-7-9 07:03:54 | 显示全部楼层
pyscf 发表于 2019-7-9 06:44
最后一张图像花生套娃... 好看谈不上 感觉有点奇葩

如果这么说的话,画画儿嘛,工具都是好工具,但是个人审美是问题 有人画出来高大上,我画出来总有一股子乡村杀马特风
一出生响亮登场,十几岁快乐成长,
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六十岁告老还乡,七十岁搓搓麻将,
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发表于 2019-7-9 16:28:23 | 显示全部楼层
这个配色 好喜欢
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 2019-7-10 08:53:09 | 显示全部楼层
好棒!(威望+1诶~)
gcq#413: "I know poetry is not dead, nor genius lost; nor has Mammon gained power over either, to bind or slay; they will both assert their existence, their presence, their liberty and strength again one day." (Jane Eyre in Jane Eyre by Charlotte Bronte)

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发表于 2019-7-10 09:30:10 | 显示全部楼层
没找到 压缩文件 无法解压额。。
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发表于 2019-7-10 10:57:21 | 显示全部楼层
小卒兄大作,顶一下哈。 配色不错,很喜欢。

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发表于 2019-7-10 12:26:59 | 显示全部楼层
确实,审美咋说了
自评挺贴切的,不丑,但总觉得有些非主流
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