新手求助MS程序建模

zidu113

各位老师：
       近来想使用MS程序建模，基本思想是，使用MS的某个模块建一个周期性的盒子，同时在里面放入一个团簇分子（将团簇放在周期性盒子中的主要目的是，希望在跑动力学的时候团簇不跑散），然后跑动力学。
       自己也看了些资料，也尝试过使用MS的Amorphous Cell 模块中的construction来建立盒子同时add一个团簇在盒子中，总出错。
    想请教：
     1：我这样做是不是不能把一个团簇分子放在盒 子中呀。因为我看一般都是使用Amorphous Cell 模块中来构建水溶液盒子，然后再在盒子里加进去一个有机分子。进行动力学模拟。如果使用MS的Amorphous Cell 模块能完成我想完成的工作---（建一个周期性的盒子，同时在里面放入一个团簇分子，然后跑动力学。）还望各位老师能不吝赐教。
   2：还想问，如果不能使用Amorphous Cell 模块，我应该如何使用MS来完成这个工作。
  3：总感觉使用MS来完成这个工作应该有好几种方法，所以如果是这样，还望各位老师能多多帮助。谢谢

ruanyang

最好是看完 MS 的相关模块的help文件和教程

zidu113

ruanyang 发表于 2015-7-1 21:02
最好是看完 MS 的相关模块的help文件和教程

谢谢，对程序很弱智。觉得好难，心里没底。

sobereva

如果你只是要模拟一个放在空盒子里的团簇，你就设完盒子尺寸把团簇挪到中间就行了，完全用不着Amorphous Cell。这个模块类似于packmol程序，是让一堆分子无序地堆积在一个盒子里用的，而你的盒子是空的，和这个模块无关。

zidu113

sobereva 发表于 2015-7-2 00:03
如果你只是要模拟一个放在空盒子里的团簇，你就设完盒子尺寸把团簇挪到中间就行了，完全用不着Amorphous Ce ...

谢谢，sobereva 老师。刚起来就看见您的回复，太高兴了。我这么做的主要目的还是想使用您开发的molclus程序计算一些东西，只是由于我不会使用Gromacs程序，刚好我的服务器上有现成的MS程序，所以想使用MS来建立一个空盒子，并在里面放上团簇，跑动力学。
    您说的很有道理，使用Amorphous Cell，我也心里很没有底（对于使用程序，我一直是这个状态，不了解程序的基本原理，黑盒子始终折磨着我），看资料好像都是说Amorphous Cell主要用来对无定型系统建立有代表性的模型。这种无定形系统，我理解的就是一些体系很大，但是又不是像晶体那样的--具有周期性的单元格子。
  我看您在“使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索”文章中这么一段话：对于较大团簇的话，当模拟温度较高时，可能模拟过程中外侧的某个分子跑着跑着就飞了，越飞越远，之后的轨迹就没意义了。而如果用了周期边界条件，它飞过边界后还会跑回来。
    而我看如果使用Amorphous Cell建立了周期性的盒子，好像这种盒子也有这种类似作用：分子跑出盒子的同时会有另一个进来。当然，由于我对这个程序的基本思想不了解，所以也不清楚这种类似是不是其实是有着本质区别的，。真希望老师能指点迷津，让我尽早脱离苦海。

sobereva

定义了盒子，并且在模拟中启用了周期边界条件，粒子穿过盒子时就会从另一头又回来。
这和Amorphous Cell没有任何关系。与之关系直接的是forcite/discover这样跑动力学的模块。
建议先做做MS自带的forcite/discover的教程。

zidu113

sobereva 发表于 2015-7-2 00:03
如果你只是要模拟一个放在空盒子里的团簇，你就设完盒子尺寸把团簇挪到中间就行了，完全用不着Amorphous Ce ...

sobereva 老师，关于molclus程序，应该也可以进行原子团簇的构型搜索吧，比如搜索一个30个原子的团簇，根据你对水分子团簇模拟的例子，好像不需要先构建一个初始水分子团簇构型，只是把四个水分子随机放进盒子里就可以了，所以我理解模拟原子团簇的时候，开始也不需要先搭建一个30原子的团簇，而只需要随机的把这些原子放进盒子里就可以了。是不是跑动力学，初始温度够高，初始结构的影响就很小了，所以开始可以不需要搭建初始构型。谢谢

sobereva

zidu113 发表于 2015-7-2 11:11
sobereva 老师，关于molclus程序，应该也可以进行原子团簇的构型搜索吧，比如搜索一个30个原子的团簇，根 ...

如果你用的动力学程序能模拟原子团簇则原子团簇也能搜索。
gmx、amber、NAMD、Tinker等动力学程序支持的力场都只能处理分子体系，原子团簇没法用。你必须得用量化程序，诸如Gaussian、CP2K、VASP等程序做第一性原理/半经验的动力学才能模拟出原子团簇的各种构型变化，这非常耗时，而且对于原子团簇搜索这么做效率比较低。

zidu113

sobereva 发表于 2015-7-2 17:31
如果你用的动力学程序能模拟原子团簇则原子团簇也能搜索。
gmx、amber、NAMD、Tinker等动力学程序支持的 ...

     sobereva 老师谢谢你的耐心回复，但是我还是有些疑问，主要是对力场概念一直很模糊，只觉得它的形式好复杂，好像就是描述一个分子中的各个原子的作用。可是我总觉得一个原子团簇不就是一个分子吗？为什么动力学程序支持的分子力场不能处理原子团簇？
另外我看了一个例子：
   在FPMD-SA模拟中,对每种尺寸的团族随机产生其初始构型,接着以100K步长，逐渐从3000K高温退火到室温300K。事实上,由于3000K高温下它们将处于溶融状态, 起始结构如何对模拟退火得到的最终结构的影响微乎其微。对Bn团簇(n = 32,38, 44,50,56),每一温度设定下,采用NVT系综的分子动力学模拟持续15皮秒,时间步长1.0飞秒。因此,退火时间总计420皮秒(420000步)。FPMD-SA模拟中采用了自旋限制全电子DFT和DND基组,使用的程序为DMol3。
    好像也有人使用第一性原理分子动力学来搜索团簇构型。这样做可靠吗
   

sobereva

zidu113 发表于 2015-7-2 19:04
sobereva 老师谢谢你的耐心回复，但是我还是有些疑问，主要是对力场概念一直很模糊，只觉得它的形式 ...

一般的经典力场里，原子的连接关系是确定的，在模拟中键不会生成或断裂。但是模拟原子团簇时，原子之间必定伴随着键的变化，所以经典力场没法做，一般需要用从头算动力学。

基于从头算分子动力学搜索团簇结构是很常见的，但是单纯的动力学去搜索效率不高，比如势垒不好翻过去、不容易在有限的模拟时间内遍历各种构型。

zidu113

sobereva 发表于 2015-7-2 22:35
一般的经典力场里，原子的连接关系是确定的，在模拟中键不会生成或断裂。但是模拟原子团簇时，原子之间必 ...

奥，明白了，sobereva 老师太谢谢您了，不然就犯常识性的错误了。