求助frcmod文件中的参数意义

嘟比妹妹 · 发表于 Post on 2019-7-9 10:29:45

1.如图有键、角和二面角等参数，参数中有一列表示键长、键角和二面角，其它列我不知道是什么意思，也不知道哪里可以查，amber18的说明书我初步查了一下，没有找到。希望有知道的小伙伴能帮助一下，万分感谢。
2.我的工作是一个蛋白的分子动力学模拟，该蛋白有两个非标准氨基酸。在构造非标准氨基酸过程中，产生的frcmod文件，需要补充库文件中没有的部分以上几何参数。除了对应的键长和角度，还需要补充系数之类的数，这个系数要如何查到或得到？

嘟比妹妹 · 发表于 Post on 2019-7-9 10:59:22

http://sobereva.com/1
我在该处找到了二面角参数的意义，还有键和键角的不知道。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-10 08:26:30

这里有所有文件格式的说明
http://ambermd.org/FileFormats.php

嘟比妹妹 · 发表于 Post on 2019-7-10 09:05:34

阿里嘎多

我真的会谢 · 发表于 Post on 2022-6-25 08:34:07

您好，请问现在您知道问题2了吗

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[Amber] 求助frcmod文件中的参数意义

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