求助：请教下能量最小化出现如下Fatal error该如何解决

万年流星

使用Martini粗粒化将新分子参数化后，使用gromacs运行能量最小化出现以下错误
Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 7 atoms. The longest distance involved in such interactions is
4.279 nm which is above half the box length. Either you have excessively large
distances between atoms in bonded interactions or your system is exploding.

请教下各位该如何解决呢？

万年流星

修改了mdp文件中的constraints及 Lincs 后，出现了新的问题
Fatal error:
Step 0: The total potential energy is inf, which is not finite. The LJ and
electrostatic contributions to the energy are inf and 0, respectively. A
non-finite potential energy can be caused by overlapping interactions in
bonded interactions or very large or Nan coordinate values. Usually this is
caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration, incorrect
interactions or parameters in the topology.

乐嘻嘻嘻

您好，我最近遇到了相同的问题，麻烦问一下，您是怎么解决的呢？谢谢

letty

乐嘻嘻嘻 发表于 2019-9-12 09:25
您好，我最近遇到了相同的问题，麻烦问一下，您是怎么解决的呢？谢谢

这个错误在于你的top里的物质顺序和gro上物质的顺序相匹配。

益达

letty 发表于 2020-4-9 23:32
这个错误在于你的top里的物质顺序和gro上物质的顺序相匹配。

非常感谢~

liurongjuan

本人模拟小白，最近遇到了相同的问题，麻烦问下这个问题怎么解决的呢？谢谢啦~

ccccc123

本人这两天也遇到了这个问题，多方找寻查错，将可能的方案分享如下
可能是由于分子间的键合相互作用距离过大或者系统爆炸导致的。可以尝试以下几种方法来解决：
检查您的拓扑文件是否正确，特别是分子类型和键合参数。我就是拓扑的bond项比实际键长长导致的，用正确的拓扑即不再报错
检查您的盒子尺寸是否合适，以避免分子跨越周期边界。
使用periodic-molecules = yes选项来处理周期性分子。开始报错后加入这一项可以运行，但在做密度分析时又报相同的错误，去除周期性后仍然报错，最后找到是拓扑的错误
使用更
小的时间步长或更强的约束来稳定系统。

WuQs

作用力的距离超过了盒子大小的一半；一般这种情况我都是多增加几个分子，把盒子建大一点。

武燚

WuQs 发表于 2023-3-15 16:08
作用力的距离超过了盒子大小的一半；一般这种情况我都是多增加几个分子，把盒子建大一点。

支持这个解决办法，我试了我的体系，可以解决