求助Pd配合物计算时出现的问题

慕子渊

各位老师你们好，我是刚接触计算的新手，我想计算一个Pd配合物的圆二色谱（溶剂乙腈）。先对其进行构象搜索，然后优化。优化的过程中，出现了如下的问题。整个分子结构扭曲交缠在一起了（详情在输出文件中）。而且报错。输入代码文件如下，请各位老师指点。不胜感激！

1. %mem=24GB
   
2. %nprocshared=4
   
3. #p opt freq rb3lyp/gen scrf=(cpcm,solvent=acetonitrile) geom=connectivity
   
4. 
   
5. opt and freq of SUI1 in acetonitrile
   
6. 
   
7. 0 1
   
8. C                 11.80400000   -5.75800000   -0.40700000
   
9. H                 11.08100000   -4.96400000   -0.56600000
   
10. C                 11.42100000   -7.08700000   -0.25000000
    
11. C                 12.40400000   -8.05800000   -0.06800000
    
12. C                 13.75900000   -7.72200000    0.06700000
    
13. C                 14.14200000   -6.39200000   -0.10100000
    
14. H                 15.18600000   -6.09600000   -0.01200000
    
15. C                 13.16500000   -5.41900000   -0.35000000
    
16. H                 13.46400000   -4.37700000   -0.47200000
    
17. N                 12.00100000   -9.48600000    0.00400000
    
18. H                 12.24600000   -9.88800000   -0.92200000
    
19. C                 12.74100000  -10.19000000    1.11600000
    
20. H                 12.55300000  -11.25800000    1.05400000
    
21. C                 14.22800000   -9.95600000    0.94400000
    
22. H                 14.93800000  -10.72000000    1.26700000
    
23. C                 14.69100000   -8.78800000    0.46000000
    
24. H                 15.75800000   -8.59900000    0.37600000
    
25. N                 10.11400000   -7.58500000   -0.20500000
    
26. Pd                10.01300000   -9.49800000    0.06900000
    
27. C                  8.92400000   -6.89100000   -0.30500000
    
28. O                  8.81300000   -5.67100000   -0.43400000
    
29. C                  7.71700000   -7.83500000   -0.32500000
    
30. H                  7.61700000   -8.15500000   -1.37100000
    
31. C                  8.02600000   -9.06600000    0.54500000
    
32. H                  7.98100000   -8.80300000    1.60800000
    
33. C                  7.07300000  -10.21600000    0.27100000
    
34. H                  7.31200000  -11.07500000    0.90300000
    
35. H                  7.13200000  -10.53600000   -0.77400000
    
36. H                  6.03600000   -9.94000000    0.48500000
    
37. C                  6.43900000   -7.11600000    0.09700000
    
38. H                  5.56500000   -7.76900000    0.01500000
    
39. H                  6.25100000   -6.24100000   -0.53500000
    
40. H                  6.50800000   -6.76500000    1.13300000
    
41. N                  9.93400000  -11.44400000    0.19400000
    
42. H                 10.08400000  -11.82900000    1.07900000
    
43. C                  9.76900000  -12.14700000   -0.83500000
    
44. C                  9.74100000  -13.63400000   -0.80200000
    
45. H                  8.92200000  -13.98800000   -0.16700000
    
46. H                 10.69100000  -14.02700000   -0.42400000
    
47. H                  9.58500000  -14.01600000   -1.81500000
    
48. 
    
49. 1 2 1.0 3 2.0 8 1.0
    
50. 2
    
51. 3 4 1.0 18 1.0
    
52. 4 5 2.0 10 1.0
    
53. 5 6 1.0 16 1.0
    
54. 6 7 1.0 8 2.0
    
55. 7
    
56. 8 9 1.0
    
57. 9
    
58. 10 11 1.0 12 1.0 19 1.0
    
59. 11
    
60. 12 13 1.0 14 1.0
    
61. 13
    
62. 14 15 1.0 16 2.0
    
63. 15
    
64. 16 17 1.0
    
65. 17
    
66. 18 19 1.0 20 1.0
    
67. 19 24 1.0 34 1.0
    
68. 20 21 2.0 22 1.0
    
69. 21
    
70. 22 23 1.0 24 1.0 30 1.0
    
71. 23
    
72. 24 25 1.0 26 1.0
    
73. 25
    
74. 26 27 1.0 28 1.0 29 1.0
    
75. 27
    
76. 28
    
77. 29
    
78. 30 31 1.0 32 1.0 33 1.0
    
79. 31
    
80. 32
    
81. 33
    
82. 34 35 1.0 36 2.0
    
83. 35
    
84. 36 37 1.0
    
85. 37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
    
86. 38
    
87. 39
    
88. 40
    
89. 
    
90. Pd 0
    
91. lanl2dz
    
92. ****
    
93. C H O N 0
    
94. 6-31g(d)
    
95. ****
    
96. 
    
97. 
    
98. Pd 0
    
99. lanl2dz
    

复制代码

liyuanhe211

赝势关键词和段落格式错误，Pd直接没有赝势，仔细看输出可能有相关的警告。没有赝势导致Pd与周围原子成键的“欲望”超级强。

agent99

如楼上所说，Pd的赝势没读进去，96 97两个空行删掉一个就可以

sobereva

显著的低级错误，gen改成genecp，赝势定义前头去掉一个空行。仔细把此文看了自然就知道怎么回事
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

Gaussian里绝对不要用CPCM，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

tiandikuoyuan

你结构是不是画错了，你提交的结构不是氰基。

慕子渊

liyuanhe211 发表于 2019-7-12 22:26
赝势关键词和段落格式错误，Pd直接没有赝势，仔细看输出可能有相关的警告。没有赝势导致Pd与周围原子成键的 ...

谢谢您的指点。原来就是这样才造成扭曲。

慕子渊

agent99 发表于 2019-7-13 03:24
如楼上所说，Pd的赝势没读进去，96 97两个空行删掉一个就可以

嗯嗯。我去试试。感谢您的指点。

慕子渊

sobereva 发表于 2019-7-13 04:55
显著的低级错误，gen改成genecp，赝势定义前头去掉一个空行。仔细把此文看了自然就知道怎么回事
详解Gauss ...

感谢老师指出我的问题。我这就去修改。谢谢老师

慕子渊

tiandikuoyuan 发表于 2019-7-13 08:48
你结构是不是画错了，你提交的结构不是氰基。

啊。我才发现。我是在chemdraw上画了结构然后用moe软件进行构象搜索。现在我仔细查看moe构象搜索完之后，确实氰基变成了C=N-H。可能是这个软件的的问题。十分感谢您！

慕子渊

sobereva 发表于 2019-7-13 04:55
显著的低级错误，gen改成genecp，赝势定义前头去掉一个空行。仔细把此文看了自然就知道怎么回事
详解Gauss ...

Sob老师您好，我把输入文件修改如下所示。但是发现算完后，用高斯View打不开。请教下是怎么回事呢？

1. %mem=24GB
   
2. %nprocshared=4
   
3. #p opt freq b3lyp/genecp scrf(IEFPCM,solvent=acetonitrile) geom=connectivity
   
4. 
   
5. opt and freq of SUI7 in acetonitrile
   
6. 
   
7. 0 2
   
8. C                  9.94800000  -13.68400000    2.78500000
   
9. H                  8.89900000  -13.83800000    3.02000000
   
10. C                 10.45800000  -13.95900000    1.52800000
    
11. C                 11.85700000  -13.76000000    1.26700000
    
12. C                 12.74100000  -13.41000000    2.29000000
    
13. C                 12.21100000  -13.09700000    3.54400000
    
14. H                 12.86500000  -12.80600000    4.36400000
    
15. C                 10.82500000  -13.21800000    3.77800000
    
16. H                 10.43400000  -12.99400000    4.77200000
    
17. N                 12.46200000  -14.05000000   -0.12300000
    
18. H                 12.67500000  -13.10800000   -0.50600000
    
19. C                 13.67000000  -14.89500000   -0.01500000
    
20. H                 14.13100000  -14.98800000   -0.99500000
    
21. C                 14.63300000  -14.20600000    0.93700000
    
22. H                 15.71100000  -14.30700000    0.78200000
    
23. C                 14.18300000  -13.52100000    2.00900000
    
24. H                 14.87600000  -13.06400000    2.71100000
    
25. N                  9.78100000  -14.61900000    0.49900000
    
26. C                  8.64200000  -15.38900000    0.40100000
    
27. O                  7.74700000  -15.44700000    1.24300000
    
28. C                  8.64200000  -16.26000000   -0.95800000
    
29. H                  8.09000000  -15.63600000   -1.67300000
    
30. C                 10.10000000  -16.51300000   -1.56500000
    
31. H                 10.60700000  -17.31400000   -1.01900000
    
32. C                 10.13100000  -16.71600000   -3.05800000
    
33. H                 11.16600000  -16.75500000   -3.40900000
    
34. H                  9.64800000  -15.88000000   -3.57300000
    
35. H                  9.62900000  -17.64300000   -3.34700000
    
36. C                  7.89400000  -17.57100000   -0.76300000
    
37. H                  6.87200000  -17.39200000   -0.41300000
    
38. H                  8.39300000  -18.19700000   -0.01600000
    
39. H                  7.83300000  -18.13500000   -1.69900000
    
40. Pd                10.86200000  -14.69100000   -1.01800000
    
41. 
    
42. 1 2 1.0 3 2.0 8 1.0
    
43. 2
    
44. 3 4 1.0 18 1.0
    
45. 4 5 2.0 10 1.0
    
46. 5 6 1.0 16 1.0
    
47. 6 7 1.0 8 2.0
    
48. 7
    
49. 8 9 1.0
    
50. 9
    
51. 10 11 1.0 12 1.0 33 1.0
    
52. 11
    
53. 12 13 1.0 14 1.0
    
54. 13
    
55. 14 15 1.0 16 2.0
    
56. 15
    
57. 16 17 1.0
    
58. 17
    
59. 18 19 1.0 33 1.0
    
60. 19 20 2.0 21 1.0
    
61. 20
    
62. 21 22 1.0 23 1.0 29 1.0
    
63. 22
    
64. 23 24 1.0 25 1.0 33 1.0
    
65. 24
    
66. 25 26 1.0 27 1.0 28 1.0
    
67. 26
    
68. 27
    
69. 28
    
70. 29 30 1.0 31 1.0 32 1.0
    
71. 30
    
72. 31
    
73. 32
    
74. 33
    
75. 
    
76. Pd 0
    
77. Lanl2DZ
    
78. ****
    
79. C H O N 0
    
80. 6-31g(d)
    
81. ****
    
82. 
    
83. Pd 0
    
84. Lanl2DZ
    
85. 
    
86. 
    

复制代码

sobereva

慕子渊 发表于 2019-7-14 20:18
Sob老师您好，我把输入文件修改如下所示。但是发现算完后，用高斯View打不开。请教下是怎么回事呢？


...

确保任务已经正常结束了
别用太老的gview
如果实在搞不清楚，把输出文件压缩后上传

慕子渊

sobereva 发表于 2019-7-14 21:01
确保任务已经正常结束了
别用太老的gview
如果实在搞不清楚，把输出文件压缩后上传

sob老师好，输入输出文件均已上传。请老师帮看看有没有问题？谢谢。

sobereva

慕子渊 发表于 2019-7-15 08:44
sob老师好，输入输出文件均已上传。请老师帮看看有没有问题？谢谢。

用gview 6.0.16，能打开
G16算的别用老版本gview打开

慕子渊

sobereva 发表于 2019-7-15 09:16
用gview 6.0.16，能打开
G16算的别用老版本gview打开

好的。我去试试。谢谢老师。