求助，刚学GROMACS，使用grompp命令时，出现了以下错误

xxzj · 发表于 Post on 2021-5-7 14:20:23

本帖最后由 xxzj 于 2021-5-7 14:25 编辑

sobereva 发表于 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

老师，您好，使用ambertools+acpype获得gromacs格式的top，gro文件时出现了下面错误
输入命令行：antechamber -i A.log -fi gout -o A.mol2 -fo mol2 -c dc -j 4
错误信息：This molecule may have more than one unit.
   antechamber can only handle one unit.  If the input is a single unit
   then the connectivity is wrong and the geometry may be bad.
   Please convert your molecule to a mol2 file via:
   antechamber -j 5 -at sybyl -dr no
   And then check your molecule with a visualization program;
   manually add missing bonds or delete unwanted bonds as appropriate.
我的分子结构是锌卟啉，无论优化还是计算频率都正常，所以不知道是哪里出错了，请老师帮看一下，辛苦老师了

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-8 02:14:41

xxzj 发表于 2021-5-7 14:20
老师，您好，使用ambertools+acpype获得gromacs格式的top，gro文件时出现了下面错误
输入命令行：antech ...

直接用acpype，根本就不需要自己用antechamber

过渡金属配合物本身就不适合用acpype。acpype是搞有机体系的

liushu · 发表于 Post on 2021-7-30 09:50:07

本帖最后由 liushu 于 2021-7-30 09:54 编辑

请问，能量最小化grompp时，体系带0.045个电荷，这样的可以怎样中和系统呢，我试了不能加0.045个CL离子

@Bruce · 发表于 Post on 2021-7-30 09:59:40

liushu 发表于 2021-7-30 09:50
请问，能量最小化grompp时，体系带0.045个电荷，这样的可以怎样中和系统呢，我试了不能加0.045个CL离子

非整数个电荷可以在命令最后添加 -maxwarn 1 忽略警告，或者修改itp文件将电荷进行分配

liushu · 发表于 Post on 2021-7-30 10:35:05

@Bruce 发表于 2021-7-30 09:59
非整数个电荷可以在命令最后添加 -maxwarn 1 忽略警告，或者修改itp文件将电荷进行分配

请问修改itp文件是改吗，我把itp文件高亮的这一行的charge0.0882改为了0.0782，进行grompp之后的NOTE，带电荷从0.045001变成了-1.455000

@Bruce · 发表于 Post on 2021-7-30 11:02:39

liushu 发表于 2021-7-30 10:35
请问修改itp文件是改吗，我把itp文件高亮的这一行的charge0.0882改为了0.0782，进行grompp之后的NOTE，带 ...

为什么忽略我说的添加 -maxwarn 1的简单做法呢？很明显你电荷改错了，体系原先带0.045个正电荷，你体系有多少个ch分子，把这0.045个正电荷从体系里面减掉不就行了（不要只改一类原子的电荷）

liushu · 发表于 Post on 2021-7-30 11:14:25

@Bruce 发表于 2021-7-30 11:02
为什么忽略我说的添加 -maxwarn 1的简单做法呢？很明显你电荷改错了，体系原先带0.045个正电荷，你体系 ...

抱歉没说清楚，我之前加了-maxwarn，然后后面跑md的时候会出现Lincs Warning，所以我想可能是因为带电荷的缘故。
感谢指点，我重新修改试一下

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-12 05:25:26

liushu 发表于 2021-7-30 09:50
请问，能量最小化grompp时，体系带0.045个电荷，这样的可以怎样中和系统呢，我试了不能加0.045个CL离子

这是因为分子里所有原子电荷加和不为0
建议用Multiwfn算RESP或RESP2(0.5)电荷，Multiwfn输出的电荷小数位数非常多，可以确保加和几乎精确为0

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-1 20:44:18

请问System has non-zero total charge: -0.000300该如何添加抗衡离子？

@Bruce · 发表于 Post on 2024-3-2 09:34:28

YuniJ 发表于 2024-3-1 20:44
请问System has non-zero total charge: -0.000300该如何添加抗衡离子？

电荷很小的时候可以忽略

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-4 08:50:37

@Bruce 发表于 2024-3-2 09:34
电荷很小的时候可以忽略

好的，谢谢您

renpx · 发表于 Post on 2024-7-29 18:21:24

@Bruce 发表于 2020-10-28 19:24
不会，抗衡离子就是这样加的

请教一下老师，为什么有的体系加过抗衡离子之后不会出现warning，有的会出现这个warning？

julianrong · 发表于 Post on 2024-10-11 21:07:39

@Bruce 发表于 2020-10-28 19:24
不会，抗衡离子就是这样加的

感谢楼主，也是刚学，遇到一模一样的问题了，完美解答，多谢

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[GROMACS] 求助，刚学GROMACS，使用grompp命令时，出现了以下错误

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