求助，刚学GROMACS，使用grompp命令时，出现了以下错误

@Bruce · 发表于 Post on 2019-7-15 10:26:41

You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a physiological salt concentration.

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-15 11:33:14

加抗衡离子，让盒子里成为电中性

@Bruce · 发表于 Post on 2019-7-15 14:41:50

好的，谢谢sobereva老师

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-7-15 15:41:01

sobereva 发表于 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

在这里请教sob老师一个问题，如果盒子中添加了抗衡离子，对aNCI和TFI分析是否会有影响

@Bruce · 发表于 Post on 2019-7-15 16:57:56

sobereva 发表于 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

sobereva老师，再次请教一下，我用这个命令gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr怎么也出现同样的错误？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-15 20:16:28

晓滨MD 发表于 2019-7-15 15:41
在这里请教sob老师一个问题，如果盒子中添加了抗衡离子，对aNCI和TFI分析是否会有影响

不会

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-15 20:18:25

@Bruce 发表于 2019-7-15 16:57
sobereva老师，再次请教一下，我用这个命令gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o io ...

你没上传1AKI_solv.gro，我没法看
如果这个是还没加抗衡离子的gro文件，grompp提示你1L说的warning的话加上-maxwarn 1忽略掉

@Bruce · 发表于 Post on 2019-7-15 22:00:05

sobereva 发表于 2019-7-15 20:18
你没上传1AKI_solv.gro，我没法看
如果这个是还没加抗衡离子的gro文件，grompp提示你1L说的warning的话 ...

好的，谢谢老师
（这是我还没加抗衡离子，准备生成gro文件的时候出现的）

JasonGu · 发表于 Post on 2020-7-28 15:11:20

你好，我也是刚学，请问如何加入抗衡离子

@Bruce · 发表于 Post on 2020-7-29 09:07:07

JasonGu 发表于 2020-7-28 15:11
你好，我也是刚学，请问如何加入抗衡离子

先产生xxx.tpr，通过命令 gmx genion -s xxx.tpr -p xxx.top -o xxx.gro -pname 阳离子在力场中的名称 -nname 阴离子在力场中的名称 -np 要加的阳离子个数 -nn 要加的阴离子个数

hujunchi · 发表于 Post on 2020-7-29 10:24:58

做电荷平衡或者忽略报错（只用于生成文件，不要带电荷跑）

wanglg · 发表于 Post on 2020-10-27 15:44:37

本帖最后由 wanglg 于 2020-10-27 15:51 编辑

@Bruce 发表于 2020-7-29 09:07
先产生xxx.tpr，通过命令 gmx genion -s xxx.tpr -p xxx.top -o xxx.gro -pname 阳离子在力场中的名称 -n ...

可是运行gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr 使蛋白质分子真空中的能量最小化时，出现和题主同样的报错，无法生成tpr文件，怎么加抗衡离子呀？是可以跳过蛋白质分子在真空中的能量最小化，直接用gmx solvate和gmx insert-molecules生成tpr文件吗？

wanglg · 发表于 Post on 2020-10-27 16:12:08

本帖最后由 wanglg 于 2020-10-27 17:37 编辑

sobereva 发表于 2019-7-15 11:33
加抗衡离子，让盒子里成为电中性

老师好。可是通过命令gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr生成tpr文件时就出现了如题主的报错，无法继续通过genion加抗衡离子。
我刚刚尝试加入了-maxwarn 1 命令，这样可以生成tpr文件，并在后续用genion加入抗衡离子。请问这样生成的文件会影响后续操作吗？

@Bruce · 发表于 Post on 2020-10-28 19:24:29

wanglg 发表于 2020-10-27 16:12
老师好。可是通过命令gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr生成tpr文 ...

不会，抗衡离子就是这样加的

wanglg · 发表于 Post on 2020-11-4 16:49:37

@Bruce 发表于 2020-10-28 19:24
不会，抗衡离子就是这样加的

好的，谢谢了。

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