QM/MM蛋白体系跑MD问题

函数与激情 · 发表于 Post on 2019-7-24 21:23:25

对于从实验上得到的晶体结构文件在amber中加了水盒子后，在进行QM/MM电子结构计算前的MD我有些疑惑。我在文献中看到有些MD模拟是完全放开的，另外有的是施加几百kcal/mol A力以维持实验上观测到的PDB结构，请问这两种方式哪种更可取呢？麻烦有经验的同学和老师不吝赐教！

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-7-25 00:05:36

你想要做什么事情？一般来说，做MD的话会先施加一个约束跑几ns，保证蛋白质周围的水平衡了，然后再放开约束跑几μs，观察蛋白质的结构变化

函数与激情 · 发表于 Post on 2019-7-25 08:48:29

fhh2626 发表于 2019-7-25 00:05
你想要做什么事情？一般来说，做MD的话会先施加一个约束跑几ns，保证蛋白质周围的水平衡了，然后再放开约束 ...

想做QM/MM电子结构计算，QM区是蛋白中的一个分子

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-7-25 11:09:04

函数与激情发表于 2019-7-25 08:48
想做QM/MM电子结构计算，QM区是蛋白中的一个分子

如果只是做电子结构结算的话跑不了多少步，限制加不加应该没多大区别

函数与激情 · 发表于 Post on 2019-7-25 11:10:01

fhh2626 发表于 2019-7-25 11:09
如果只是做电子结构结算的话跑不了多少步，限制加不加应该没多大区别

好的谢谢您的回复

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[综合交流] QM/MM蛋白体系跑MD问题