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[GROMACS] 求助 GMX跑完模拟计算相互作用能的问题

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请教一下各位老师,我在重复文献中非成键相互作用能计算时,自己计算的数和文献中的数相差巨大,图中是体系中各种分子的数目和相互作用能的比较,是因为体系中分子数很多导致相互作用能很大吗?如果是,要怎样处理才能得到文献中的数值,请各位老师指点一下。

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发表于 Post on 2019-7-26 22:36:34 | 只看该作者 Only view this author
文献的那种数量级应当是一对分子间的相互作用。你算了一大批分子,得到的是两类分子的总相互作用。看文献里模拟体系具体怎么搭建的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-27 14:18:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-26 22:36
文献的那种数量级应当是一对分子间的相互作用。你算了一大批分子,得到的是两类分子的总相互作用。看文献里 ...

”100 molecules of DES, 500 molecules of alcohols, and 1400 molecules of water are considered for MD simulations“。老师,文献中有这样一句话,我按照文献中的数目创建体系。然后创建组随机在每种组分中选择一个分子,指令: r 残基序号 & r 残基名,计算相互作用能,计算了几次单结果相差很大。是不是在创建组选择单个分子不能随机选,那这样应该按照什么样的原则选择呢?
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发表于 Post on 2019-7-28 04:16:11 | 只看该作者 Only view this author
晓滨MD 发表于 2019-7-27 14:18
”100 molecules of DES, 500 molecules of alcohols, and 1400 molecules of water are considered for  ...

肯定不能随机,每个分子运动轨迹都不同,自然相互作用也不同。
原文具体怎么弄的我不确定,没准是对所有A和所有B之间的相互作用能除以A-B之间的对数,从而得到平均值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-28 11:23:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-28 04:16
肯定不能随机,每个分子运动轨迹都不同,自然相互作用也不同。
原文具体怎么弄的我不确定,没准是对所有 ...

不是很明白A-B之间的对数,还请老师再给指点一下,谢谢老师
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发表于 Post on 2019-7-29 07:41:32 | 只看该作者 Only view this author
晓滨MD 发表于 2019-7-28 11:23
不是很明白A-B之间的对数,还请老师再给指点一下,谢谢老师

就是A的数目乘上B的数目
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-29 08:06:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-29 07:41
就是A的数目乘上B的数目

谢谢老师的解答
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