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[GROMACS] 关于Martini 、TraPPE-UA、L-OPLS、Lipid14的力场参数问题

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发表于 2019-7-26 17:28:02 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问有没有人用过Martini 、TraPPE-UA、L-OPLS、Lipid14这几个力场,GROMACS里没有,谁有文件包可以分享一下吗?或者告诉我去哪里下载,十分感激

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发表于 2019-7-26 21:21:18 | 显示全部楼层
去Martini官网找相关文件
其它的根据力场原文里的参数手动补充。有些力场诸如Lipid14完全没必要在gromacs里用,有其它用处类似的力场都有现成的GROMACS包。
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发表于 2019-7-27 01:57:13 | 显示全部楼层
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-7-27 02:01 编辑

Lipid17都出了几年了 就别用14了OPLS/M也出4/5年了就别用OPLS/L了

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发表于 2019-7-27 04:33:52 | 显示全部楼层
OPLS-AA/L本身就是GROMACS自带的。更新的OPLS-AA/M直接在这里就能下http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html
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 楼主| 发表于 2019-7-27 17:52:47 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-27 04:33
OPLS-AA/L本身就是GROMACS自带的。更新的OPLS-AA/M直接在这里就能下http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.ht ...

老师那这个TraPPE-UA力场的参数呢哪里有呀

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发表于 2019-7-28 04:13:22 | 显示全部楼层
shanxitaiyuan 发表于 2019-7-27 17:52
老师那这个TraPPE-UA力场的参数呢哪里有呀

查文献,里面都会给出
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发表于 2019-7-28 11:54:23 | 显示全部楼层

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 楼主| 发表于 2019-7-28 13:25:14 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-28 04:13
查文献,里面都会给出

TraPPE-UA力场是不是没有gromacs的形式,我要怎么把它写成gromacs能识别的呢?

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发表于 2019-7-29 07:46:09 | 显示全部楼层
shanxitaiyuan 发表于 2019-7-28 13:25
TraPPE-UA力场是不是没有gromacs的形式,我要怎么把它写成gromacs能识别的呢?

在gmx里完全可以用
根据gmx拓扑文件的基本规则写,看手册以及参考诸如GROMOS力场的拓扑文件
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sobereva 发表于 2019-7-26 21:21
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其它的根据力场原文里的参数手动补充。有些力场诸如Lipid14完全没必要在gromacs ...

sobereva老师,您好。我想用gromacs做有机分子与脂质体的分子动力学,有机分子用的gaff力场,脂质体应该使用lipid力场吧,那怎样再gromacs调用lipid力场呢?

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发表于 2019-8-13 07:05:43 | 显示全部楼层
滚滚滚拉 发表于 2019-8-12 13:10
sobereva老师,您好。我想用gromacs做有机分子与脂质体的分子动力学,有机分子用的gaff力场,脂质体应该 ...

没必要刻意用lipid。就用GAFF就可以
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发表于 2019-8-13 09:23:47 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-8-13 07:05
没必要刻意用lipid。就用GAFF就可以

谢谢李老师
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