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[GROMACS] 关于Martini 、TraPPE-UA、L-OPLS、Lipid14的力场参数问题

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楼主
请问有没有人用过Martini 、TraPPE-UA、L-OPLS、Lipid14这几个力场,GROMACS里没有,谁有文件包可以分享一下吗?或者告诉我去哪里下载,十分感激

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发表于 Post on 2019-7-26 21:21:18 | 只看该作者 Only view this author
去Martini官网找相关文件
其它的根据力场原文里的参数手动补充。有些力场诸如Lipid14完全没必要在gromacs里用,有其它用处类似的力场都有现成的GROMACS包。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-7-27 01:57:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-7-27 02:01 编辑

Lipid17都出了几年了 就别用14了OPLS/M也出4/5年了就别用OPLS/L了

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发表于 Post on 2019-7-27 04:33:52 | 只看该作者 Only view this author
OPLS-AA/L本身就是GROMACS自带的。更新的OPLS-AA/M直接在这里就能下http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-27 17:52:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-27 04:33
OPLS-AA/L本身就是GROMACS自带的。更新的OPLS-AA/M直接在这里就能下http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.ht ...

老师那这个TraPPE-UA力场的参数呢哪里有呀

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发表于 Post on 2019-7-28 04:13:22 | 只看该作者 Only view this author
shanxitaiyuan 发表于 2019-7-27 17:52
老师那这个TraPPE-UA力场的参数呢哪里有呀

查文献,里面都会给出
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发表于 Post on 2019-7-28 11:54:23 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-28 13:25:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-28 04:13
查文献,里面都会给出

TraPPE-UA力场是不是没有gromacs的形式,我要怎么把它写成gromacs能识别的呢?

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发表于 Post on 2019-7-29 07:46:09 | 只看该作者 Only view this author
shanxitaiyuan 发表于 2019-7-28 13:25
TraPPE-UA力场是不是没有gromacs的形式,我要怎么把它写成gromacs能识别的呢?

在gmx里完全可以用
根据gmx拓扑文件的基本规则写,看手册以及参考诸如GROMOS力场的拓扑文件
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sobereva 发表于 2019-7-26 21:21
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其它的根据力场原文里的参数手动补充。有些力场诸如Lipid14完全没必要在gromacs ...

sobereva老师,您好。我想用gromacs做有机分子与脂质体的分子动力学,有机分子用的gaff力场,脂质体应该使用lipid力场吧,那怎样再gromacs调用lipid力场呢?

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发表于 Post on 2019-8-13 07:05:43 | 只看该作者 Only view this author
滚滚滚拉 发表于 2019-8-12 13:10
sobereva老师,您好。我想用gromacs做有机分子与脂质体的分子动力学,有机分子用的gaff力场,脂质体应该 ...

没必要刻意用lipid。就用GAFF就可以
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发表于 Post on 2019-8-13 09:23:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-13 07:05
没必要刻意用lipid。就用GAFF就可以

谢谢李老师

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发表于 Post on 2020-11-7 17:32:14 | 只看该作者 Only view this author
紫丹渡津 发表于 2019-7-28 11:54
TraPPE-UA的参数在这里查:http://chem-siepmann.oit.umn.edu/siepmann/trappe/index.html

前辈请问一下 ,trappe 官网里没有关于二环烷烃以及庚基环己烷的力场参数,我应该去哪找呀

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