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[灌水] 关于用太赫兹时域光谱技术(THz-TDS)发文章的感想及毕业论文的困惑?

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发表于 2019-7-26 21:53:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 zhutuziqin 于 2019-7-26 21:54 编辑

本人 在读研究生二年级完 在未进入研究课题之前(研一)完全不清楚自己研究生要研究什么直到今年六月份投出去一篇文章之后 对自己整体研究工作有了一定的认识但任然片面  该怎么填补毕业论文剩下的大部分工作相关仍然很迷茫

我研究的内容主要是 第一步:用太赫兹时域光谱(THz-TDS)技术检测某几种密切相关的物质(这些物质的纯度都大于98%)    实验数据经傅里叶变换等处理后做图得到太赫兹光谱
第二步:接着运用Gaussian09软件对这些物质(从CCDC提取的某几种物质的晶体结构参数 经某些手段后获取这几种物质的团簇分子或者晶胞构型)进行几何构型优化和频率计算 将最终计算结果数据导出用Origin软件做光谱图
第三步:然后用PED方法分析 太赫兹实验谱中吸收峰的振动机理 以及再用RDG等方法分析分子间的氢键等弱相互作用
整个论文工作大致流程是这个样子
具体描述的 跟这个帖子里面说的差不多http://bbs.keinsci.com/thread-2685-1-1.html 可以对比看一下





我们boss带的几届学生 除了检测对象换了 换成其他的生物分子之外 像我可能还会用不同的弱相互作用分析方法
因为其他方面的工作量不好更改或者说不是我的能力可以办到的事情  如THz-TDS实验方法不能更改 理论计算方法密度泛函理论基组换一下也没有什么实质性的提升
其他的振动分析方法比PED更好的 可能是我了解的还不够多不够全面  目前没有发现比PED更好的方法 如果诸位有的话 恳请告知


这样说来 目前我的论文工作相比于往届师兄如果仅仅只是检测物质换了 而不添加点什么其他新的内容 及其容易会被批换汤不换药而影响后面的工作
2020年六月就要毕业了 现在小论文已经投出去了还在审稿当中 由于本人的见识学识能力各个方面很有限 所以在短时间内做出很大的创新几乎不可能 但又担心自己因工作量不够不能顺利毕业
所以在这里恳请各位研究方向相关的或者老师们 能够对我的研究方向或者是内容亦或是方法 能提出一些宝贵的建议!!





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发表于 2019-7-26 22:02:19 | 显示全部楼层
怎么感觉我前阵子审的那篇CPL文章好像就是你的...
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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发表于 2019-7-26 22:04:09 来自手机 | 显示全部楼层
感觉这应该是你boss来请教的问题,ta有你这样的学生算是幸运。

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 楼主| 发表于 2019-7-27 15:08:11 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-26 22:02
怎么感觉我前阵子审的那篇CPL文章好像就是你的...

推荐审稿人一共写了五位 ,没有写卢老师您的名字,这样的话送到您手上的概率应该不大吧!

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 楼主| 发表于 2019-7-27 15:22:13 | 显示全部楼层
granvia 发表于 2019-7-26 22:04
感觉这应该是你boss来请教的问题,ta有你这样的学生算是幸运。

听到你给我这样的回复 虽然不知道我能不能做的更好 但是莫名有了很大的信心和动力 谢谢

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发表于 2019-7-27 20:08:34 | 显示全部楼层
zhutuziqin 发表于 2019-7-27 15:08
推荐审稿人一共写了五位 ,没有写卢老师您的名字,这样的话送到您手上的概率应该不大吧!

你太天真了 编辑才不按你的推荐来选审稿人
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发表于 2019-7-28 04:14:12 | 显示全部楼层
zhutuziqin 发表于 2019-7-27 15:08
推荐审稿人一共写了五位 ,没有写卢老师您的名字,这样的话送到您手上的概率应该不大吧!

我审的那篇算的是酒石酸
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 楼主| 发表于 2019-7-28 09:23:54 | 显示全部楼层
captain 发表于 2019-7-27 20:08
你太天真了 编辑才不按你的推荐来选审稿人

谢谢指导 长知识了

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发表于 2019-7-28 09:46:30 | 显示全部楼层
本帖最后由 captain 于 2019-7-28 09:57 编辑

可以试试其它的软件和方法,或者尝试不同的计算模型。
另外是不是可以再利用Multiwfn挖掘一些新的讨论点?
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 楼主| 发表于 2019-7-28 16:40:30 | 显示全部楼层
captain 发表于 2019-7-28 09:46
可以试试其它的软件和方法,或者尝试不同的计算模型。
另外是不是可以再利用Multiwfn挖掘一些新的讨论点? ...

Boss准备想换个VASP软件 但我这一届估计够呛了
计算模型有尝试过Gaussian算PBC体系 耗时太长
您指的用Multiwfn挖掘点新东西  比如说什么呢

有想过将几种弱相互作用分析方法(如RDG AIM EDA等) 结合起来  不知道这样是否可行

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发表于 2019-7-28 17:20:46 | 显示全部楼层
zhutuziqin 发表于 2019-7-28 16:40
Boss准备想换个VASP软件 但我这一届估计够呛了
计算模型有尝试过Gaussian算PBC体系 耗时太长
您指的 ...

Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览   http://sobereva.com/252
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览   http://sobereva.com/471
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 楼主| 发表于 2019-7-28 17:52:11 | 显示全部楼层
captain 发表于 2019-7-28 17:20
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览   http://sobereva.com/252
Multiwfn支持的分析化学键的方法一 ...

谢谢 您的建议 下来后必定好好研读这两篇博文

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发表于 2019-8-9 13:03:56 | 显示全部楼层
个人觉得 周期性的系统做cpmd 基于动力学计算振动光谱更靠谱

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发表于 2019-8-24 10:45:03 | 显示全部楼层
我做过类似的体系,有点经验。1. 结构优化是一定要用周期性的全优化,我觉得周期性只优化H原子也是不太好。(例如,涉及到不同来源的CIF文件),可以用VASP,Material Studio,QE,最后一个免费,都比较好用。2. 优化完的结构挖出超胞,可用量化分析弱相互作用的手段跑一波。AIM, RDG没问题,EDA意思不是很大。3. 至于和THz谱比对,真正可靠的方法应当是在1的基础上算声子谱或振动谱,但这个计算量超级大,还是算了;拿2的结构算频率其实不太好,因为只要你优化结构,必然会和周期性优化的结构有所不同。除非你取一个大超胞,只分析超胞中心的分子(但这样其实也还是不太好)4. 我不知道你们能不能做变温的红外或拉曼实验,如果可以,从这个温度改变结构,进而改变作用模式,跑一波?

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发表于 2019-8-28 14:53:39 | 显示全部楼层
我想请教一下,ccdc上没有晶胞结构,在高斯里面进行单分子模拟,怎么做成晶胞进行模拟?
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