大家都是怎么搭建原子团簇初始构型的

zidu113 · 发表于 Post on 2015-7-6 12:39:08

各位高人们：
大家好，请教一个问题，我经常看文献中，作者在初始优化团簇结构时，都会很多搭建构型，从几百甚至到几千个结构。请问手动有可能去搭建这么多构型吗？，是不是太难了。有什么好办法去搭建这么多初始构型吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-6 15:16:11

显然手动是不可能搭这么多的，必定是算法自动生成一批初始结构然后再refine，或者用构型搜索算法在搜索过程中不断生成新的结构。
比如说，一个特定原子数目的碳球，可以通过CaGe程序以螺旋算法（详见http://sobereva.com/104）生成所有可能的初猜构型，然后用低级别方法如PM3优化，初步筛选一下，把能量最低的比如几十或一两百个提出来然后再用DFT优化，再找能量最低的。

zidu113 · 发表于 Post on 2015-7-6 16:48:55

sobereva 发表于 2015-7-6 15:16
显然手动是不可能搭这么多的，必定是算法自动生成一批初始结构然后再refine，或者用构型搜索算法在搜索过程 ...

谢谢sobereva 老师，我感觉也是不太可能手动搭这么多结构，你推荐的CaGe程序以螺旋算法我以前看过，写的很好，很佩服你能给我们大家分享这么好的文章。CaGe程序确实很强大。

zidu113 · 发表于 Post on 2015-7-6 16:54:49

zidu113 发表于 2015-7-6 16:48
谢谢sobereva 老师，我感觉也是不太可能手动搭这么多结构，你推荐的CaGe程序以螺旋算法我以前看过，写的 ...

非常期待sobereva 老师能早些发布这么一款类似程序。

wgbigfatcat · 发表于 Post on 2015-7-7 09:16:36

sobereva 发表于 2015-7-6 15:16
显然手动是不可能搭这么多的，必定是算法自动生成一批初始结构然后再refine，或者用构型搜索算法在搜索过程 ...

搭车问。例如要建造9个金原子的团簇CaGe也可以构建么

zidu113 · 发表于 Post on 2015-7-7 13:54:01

wgbigfatcat 发表于 2015-7-7 09:16
搭车问。例如要建造9个金原子的团簇CaGe也可以构建么

应该可以。CaGe里的功能很多。

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-7 16:26:45

wgbigfatcat 发表于 2015-7-7 09:16
搭车问。例如要建造9个金原子的团簇CaGe也可以构建么

CaGe不行，CaGe的算法能自动构建的都是笼状和个别平面体系，而且每个面有几个边还都有特定要求。而金属团簇中的连接关系复杂，有的原子在里头，如果碰上混合原子团簇更不行了。

十四时 · 发表于 Post on 2021-3-5 23:24:07

sobereva 发表于 2015-7-7 16:26
CaGe不行，CaGe的算法能自动构建的都是笼状和个别平面体系，而且每个面有几个边还都有特定要求。而金属 ...

老师您好，请问一下现在发布的molclus程序包可以达到相应的目的吗？谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-6 00:39:58

十四时发表于 2021-3-5 23:24
老师您好，请问一下现在发布的molclus程序包可以达到相应的目的吗？谢谢老师。

看具体情况，有些体系用molclus里的genmer适合

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[综合交流] 大家都是怎么搭建原子团簇初始构型的

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