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[综合交流] 大家都是怎么搭建原子团簇初始构型的

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发表于 2015-7-6 12:39:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位高人们:
      大家好,请教一个问题,我经常看文献中,作者在初始优化团簇结构时,都会很多搭建构型 ,从几百甚至到几千个结构。请问手动有可能去搭建这么多构型吗?,是不是太难了。有什么好办法去搭建这么多初始构型吗?

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发表于 2015-7-6 15:16:11 | 显示全部楼层
显然手动是不可能搭这么多的,必定是算法自动生成一批初始结构然后再refine,或者用构型搜索算法在搜索过程中不断生成新的结构。
比如说,一个特定原子数目的碳球,可以通过CaGe程序以螺旋算法(详见http://sobereva.com/104)生成所有可能的初猜构型,然后用低级别方法如PM3优化,初步筛选一下,把能量最低的比如几十或一两百个提出来然后再用DFT优化,再找能量最低的。
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 楼主| 发表于 2015-7-6 16:48:55 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-7-6 15:16
显然手动是不可能搭这么多的,必定是算法自动生成一批初始结构然后再refine,或者用构型搜索算法在搜索过程 ...

谢谢sobereva 老师,我感觉也是不太可能手动搭这么多结构,你推荐的CaGe程序以螺旋算法我以前看过,写的很好,很佩服你能给我们大家分享这么好的文章。CaGe程序确实很强大。

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 楼主| 发表于 2015-7-6 16:54:49 | 显示全部楼层
zidu113 发表于 2015-7-6 16:48
谢谢sobereva 老师,我感觉也是不太可能手动搭这么多结构,你推荐的CaGe程序以螺旋算法我以前看过,写的 ...

非常期待sobereva 老师能早些发布这么一款类似程序。

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发表于 2015-7-7 09:16:36 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-7-6 15:16
显然手动是不可能搭这么多的,必定是算法自动生成一批初始结构然后再refine,或者用构型搜索算法在搜索过程 ...

搭车问。例如要建造9个金原子的团簇CaGe也可以构建么

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 楼主| 发表于 2015-7-7 13:54:01 | 显示全部楼层
wgbigfatcat 发表于 2015-7-7 09:16
搭车问。例如要建造9个金原子的团簇CaGe也可以构建么

应该可以。CaGe里的功能很多。

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发表于 2015-7-7 16:26:45 | 显示全部楼层
wgbigfatcat 发表于 2015-7-7 09:16
搭车问。例如要建造9个金原子的团簇CaGe也可以构建么


CaGe不行,CaGe的算法能自动构建的都是笼状和个别平面体系,而且每个面有几个边还都有特定要求。而金属团簇中的连接关系复杂,有的原子在里头,如果碰上混合原子团簇更不行了。
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发表于 2021-3-5 23:24:07 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-7-7 16:26
CaGe不行,CaGe的算法能自动构建的都是笼状和个别平面体系,而且每个面有几个边还都有特定要求。而金属 ...

老师您好,请问一下现在发布的molclus程序包可以达到相应的目的吗?谢谢老师。

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发表于 2021-3-6 00:39:58 | 显示全部楼层
十四时 发表于 2021-3-5 23:24
老师您好,请问一下现在发布的molclus程序包可以达到相应的目的吗?谢谢老师。

看具体情况,有些体系用molclus里的genmer适合
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