单斜晶体的盒子应该怎么样建立呢？

yaochuang · 发表于 Post on 2015-7-6 18:29:48

请问大家我有一个单斜的晶体体系，我想用其作为初始结构来做动力学模拟，我应该怎样把它放进合适的盒子里呢？

我试了很多种方法都不满意，还请大家指点指点。

晶体单胞的参数：
a 6.2586 埃
b 12.9139 埃
c 14.7423 埃
alpha :  109.656
beta:  89.659
gamma:  97.682

构建的体系是一个6*6*6的supercell

我要怎样把这个surpercell放入到盒子中呢？直接加一个普通的盒子，总是发现盒子中存在很多的空白区域，这样应该不合理吧？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-6 21:54:33

既然已经有晶体结构了，就直接模拟就行了，把gro文件里的盒子设定设成和晶体一致就行了。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-7-7 17:56:40

sobereva 发表于 2015-7-6 21:54
既然已经有晶体结构了，就直接模拟就行了，把gro文件里的盒子设定设成和晶体一致就行了。

好的，谢谢~

XYwinne · 发表于 Post on 2015-9-15 13:30:05

sobereva 发表于 2015-7-6 21:54
既然已经有晶体结构了，就直接模拟就行了，把gro文件里的盒子设定设成和晶体一致就行了。

你好，我建了一个菱形的盒子，命令如下
editconf -f 1.pdb -bt triclinic -box ** ** ** -c -angle 90 90 120 -o 2.pdb
genbox -cp 2.pdb -ci 1.pdb -nmol 19 -o 3.pdb （加入另外19个溶质）
genbox -cp3.pdb -ci 4.pdb -nmol 1000 -o 5.pdb （加入1000个溶剂）
在VMD和MS中看图形，溶质和溶剂好像还是按照立方形加入的（图形如下），之前没做过斜的盒子，不知道怎么处理？
（左边的几个分子是右边的，由于周期性出现在左边）

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-15 14:10:35

可以先跑下，看看是否能如实有单斜的PBC效果
如果这点没问题，即便genbox没法把单斜盒子真正充满也没关系，你先用genbox填充一个大的矩形盒子，然后在VMD里可以利用几何关系把单斜盒子以外的那部分分子给剃了就行了。

XYwinne · 发表于 Post on 2015-9-17 20:20:51

你好，请问你的问题解决了吗？我有几个问题想请教下！

yaochuang · 发表于 Post on 2015-9-18 09:01:04

XYwinne 发表于 2015-9-17 20:20
你好，请问你的问题解决了吗？我有几个问题想请教下！

你有什么问题呢，说不上请教，大家可以一起讨论一下~ 哈哈~

XYwinne · 发表于 Post on 2015-9-18 10:44:47

本帖最后由 XYwinne 于 2015-9-18 11:01 编辑

yaochuang 发表于 2015-9-18 09:01
你有什么问题呢，说不上请教，大家可以一起讨论一下~ 哈哈~

我的盒子里也是始终有空白区域，有什么解决的办法吗？后面的平衡完全没法跑。还有菱形的盒子是不是只能单核跑？

yaochuang · 发表于 Post on 2015-9-18 18:13:36

XYwinne 发表于 2015-9-18 10:44
我的盒子里也是始终有空白区域，有什么解决的办法吗？后面的平衡完全没法跑。还有菱形的盒子是不是只能单 ...

我当时由于晶体本身是单斜的，所以直接放进去就好，模拟的时候我没有使用周期性条件。
你说的单核是不能并行？我的可以啊~
请问一下，你这个体系为什么要建成菱形的呢？

XYwinne · 发表于 Post on 2015-9-20 19:05:03

SiO2的（0 0 1）面做吸附基底，切出来就是菱形的，考察分子在SiO2上的吸附情况。

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