请教如何设置E5-2678v3*2 + GeForce RTX 2080 *2和 I5-9600K +RTX2060

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-5 02:05:24

GROMACS GPU加速性能测试文章(JCC,2019)
http://bbs.keinsci.com/thread-13910-1-1.html

这个帖子提到的文章里作者在网站上给出了他们测试用的tpr文件，你可以尝试跑一下和他们的结果进行对照，尝试弄清楚是否哪里有严重问题

qinzhong605 · 发表于 Post on 2019-8-5 10:40:47

sobereva 发表于 2019-8-5 02:05
GROMACS GPU加速性能测试文章(JCC,2019)
http://bbs.keinsci.com/thread-13910-1-1.html

谢谢社长，我研究一下。

abdoman · 发表于 Post on 2019-8-5 14:34:52

在gpu加速的时候，注意P2P通讯，以及CPU的管理。最好是不跨CPU，不跨GPU
https://zhuanlan.zhihu.com/p/21908564

搞理论的 · 发表于 Post on 2019-8-7 03:09:46

abdoman 发表于 2019-8-5 14:34
在gpu加速的时候，注意P2P通讯，以及CPU的管理。最好是不跨CPU，不跨GPU
https://zhuanlan.zhihu.com/p/21 ...

怎么才能做到不夸CPU且不跨GPU呢？

abdoman · 发表于 Post on 2019-8-7 08:53:23

先了解自己服务器的拓扑结构，链接里面有命令
然后在计算的时候，请求GPU的时候，你就知道该选择哪个GPU了。
amber 里面可以指定GPU （ CUDA_VISIBLE_DEVICES=xxx），gromacs我不知道是什么。

bobosiji · 发表于 Post on 2019-8-24 22:42:00

前者需要时间是7h30min，后者需要时间是8h30min : 跑了多少ns？体系一共多少原子？

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[综合交流] 请教如何设置E5-2678v32 + GeForce RTX 2080 2和 I5-9600K +RTX2060