计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11110|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 关于在amber中进行QM/MM计算氢键方法的选择

[复制链接 Copy URL]

374

帖子

2

威望

1539

eV
积分
1953

Level 5 (御坂)

本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-8-6 23:36 编辑

我想算一个生物大分子内氢键的键能,这个氢键的成键方式比较诡异,具体体现在D-H的键长被拉长了,以及H...A的距离很短,并且我们认为有一定共价性。所以在MM的情况下不稳定,我想用amber的QM/MM来用QM对关键区域进行描述,然后剩下的区域用MM描述,然后使用伞状采样描述键能。
如果不用外部软件的话,amber支持QM方法有AM1, RM1, MNDO, PM3-PDDG, MNDO-PDDG, PM3-CARB1, MNDO/d (same as MNDOD), AM1/d (same as AM1D), PM6, DFTB2 (same as DFTB), and DFTB3.
个人感觉这之中可以用的只有PM6和DFTB3了。
照理说DFTB3应该比PM6好,但在amber里PM6有氢键和色散矫正,DFTB3却没有氢键矫正。
所以我想问一下,这种情况下选哪种方式比较好?

顺便想问一下这种情况下请问推荐用PM6(氢键、色散矫正)还是不带氢键矫正的DFTB3?
谢谢 顺便为啥不能搜索amber? 我在搜索框里打amber会显示[size=14.6667px]您当前的访问请求当中含有非法字符,已经被系统拒绝

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-8-7 01:30:07 | 只看该作者 Only view this author
DFTB3绝对不代表比PM6好
直接用带氢键和色散校正的PM6就行了

用论坛自带的搜索框以及首页的google搜索框搜索amber我都没发现问题。换个时段或者换个浏览器你再试试。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

374

帖子

2

威望

1539

eV
积分
1953

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-7 02:38:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-7 01:30
DFTB3绝对不代表比PM6好
直接用带氢键和色散校正的PM6就行了

谢谢 sob老师 现在好像搜索amber没有任何问题了

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 09:17 , Processed in 0.155032 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list