请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 322|回复: 7

[Amber] 在用pmemd.cuda跑5ns的动力学时,作业老掉下来是为什么

[复制链接]

48

帖子

0

威望

229

eV
积分
277

Level 3 能力者

发表于 2019-8-12 08:42:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
当我用GPU算动力学时,我的作业跑了1ns就掉下来,.out文件没有显示错误,但是其它人的作业就没掉下来,是为什么呢?很疑惑,有没有也遇到过这种情况的人呢?谢谢大家

103

帖子

0

威望

705

eV
积分
808

Level 4 (黑子)

发表于 2019-8-12 08:57:07 | 显示全部楼层
你应该去先看一下轨迹有没有出什么问题

48

帖子

0

威望

229

eV
积分
277

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2019-8-12 09:10:23 | 显示全部楼层
ChaosChiao 发表于 2019-8-12 08:57
你应该去先看一下轨迹有没有出什么问题

好的谢谢 轨迹文件主要检查哪方面的问题呢?刚开始做MD,很多还不知道.主要就是放到VMD中看相关关键原子键长的变化吗?谢谢大神

142

帖子

1

威望

458

eV
积分
620

Level 4 (黑子)

发表于 2019-8-14 21:46:12 | 显示全部楼层
用CPU跑 pmemd.cuda出了问题不报错是老毛病了

48

帖子

0

威望

229

eV
积分
277

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2019-8-15 09:18:05 | 显示全部楼层
wuzhiyi 发表于 2019-8-14 21:46
用CPU跑 pmemd.cuda出了问题不报错是老毛病了

好的 谢谢了 所以一般动力学都是用GPU跑呢吧

48

帖子

0

威望

229

eV
积分
277

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2019-8-15 09:18:32 | 显示全部楼层
Lemon- 发表于 2019-8-15 09:18
好的 谢谢了 所以一般动力学都是用GPU跑呢吧

难道CPU的结果不可信吗?

142

帖子

1

威望

458

eV
积分
620

Level 4 (黑子)

发表于 2019-8-15 17:42:18 | 显示全部楼层
用GPU跑 出了错 不会显示在输出文件里这是amber的问题

48

帖子

0

威望

229

eV
积分
277

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2019-8-15 20:49:46 | 显示全部楼层
wuzhiyi 发表于 2019-8-15 17:42
用GPU跑 出了错 不会显示在输出文件里这是amber的问题

长知识了 感谢
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-12-13 11:55 , Processed in 0.189921 second(s), 23 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表