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[GROMACS] 使用GMX对蛋白进行结构优化后,蛋白结构分为两部分,后续该如何处理

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使用GMX对蛋白进行动力学模拟,优化其结构,但计算完之后,蛋白分为两部分(如图所示),应该是盒子建的太小了,在这种情况下,后续该如何处理?使用什么软件进行什么操作呢?恳请指教,非常感谢。

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发表于 Post on 2019-8-19 11:04:35 | 只看该作者 Only view this author
不代表盒子太小,只不过是蛋白质整体漂移导致有的地方跑到盒子外头了
做MD的时候把蛋白质设成整体消除平动就可以避免。如果不重新跑, gmx trjconv搞一下,用-pbc nojump就可以保持完整
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-19 12:31:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-19 11:04
不代表盒子太小,只不过是蛋白质整体漂移导致有的地方跑到盒子外头了
做MD的时候把蛋白质设成整体消除平动 ...

谢谢Sob老师,我尝试一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-26 21:13:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-19 11:04
不代表盒子太小,只不过是蛋白质整体漂移导致有的地方跑到盒子外头了
做MD的时候把蛋白质设成整体消除平动 ...

社长,不好意思再请教一下,我用了命令“gmx trjconv -f md_181.gro -s md_181.tpr -o md_181_center.gro -pbc nojump -ur rect -center”命令后,得到如图所示的结果,整体效果变好,但仍有两个原子游离在外面,请问是什么原因呢?是我的命令有误吗?后续改怎样进一步处理呢?真诚感谢Sob老师的帮助。

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发表于 Post on 2019-8-27 01:03:42 | 只看该作者 Only view this author
hddonghao 发表于 2019-8-26 21:13
社长,不好意思再请教一下,我用了命令“gmx trjconv -f md_181.gro -s md_181.tpr -o md_181_center.gro ...

就写nojump就行了,别写其它的
之后如果有弄不明白的情况,看一下处理后的轨迹,看原子怎么运动的就知道了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-27 13:47:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-27 01:03
就写nojump就行了,别写其它的
之后如果有弄不明白的情况,看一下处理后的轨迹,看原子怎么运动的就知道 ...

谢谢社长本人小白一个,对计算约等于啥都不懂,正在努力自学中,非常感谢老师的帮助

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