分子对接与分子反应动力学

镜中魂

分子对接使用过Autodock、Autodock Vina跟Surflex Dock，分子动力学使用过GROMACS，软件使用基本能解决，但是计算结果与实验结果还是不是很吻合，分子对接与分子反应动力学的计算结果实验室也只用来辅助解释实验结果，想要通过计算来指导实验感觉还是很遥远。算完结果以后即使根据一些判定标准可以知道计算结果，但是还是总感觉这一类的计算的准确度还是很大的欠缺。

mol

分子反应动力学不准确，应该是分子动力学。目前分子力学方面主要的瓶颈还是力场的可靠性，和模拟的时间空间尺度问题，现阶段还只能作为一种佐证吧，不能作为独立的判据。

镜中魂

mol 发表于 2019-8-22 10:32
分子反应动力学不准确，应该是分子动力学。目前分子力学方面主要的瓶颈还是力场的可靠性，和模拟的时间空间 ...

对的，谢谢指出。改过来了。本来想作为药物设计的指导，但是算了好几个酶发现可靠性真的打疑问。分子对接对于结构刚性一些的酶还好些，结构柔性稍微大一点的跑动力学都对不上。

fhh2626

镜中魂 发表于 2019-8-22 10:37
对的，谢谢指出。改过来了。本来想作为药物设计的指导，但是算了好几个酶发现可靠性真的打疑问。分子对接 ...

我认为归咎于力场的准确性是没有道理的，如果docking的起始位点不好的话，靠MD想要找到最优结构，至少要跑ms级别的MD才能得出“分子动力学对不上这个结论”。如果采用合理的增强采样方法的话，在μs的模拟尺度下应该会有一个比较好的结果