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[波函数分析交流] IGM和RDG以及VMD作图求助

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楼主
我想请教一下:在处理分子间相互作用时,能不能用RDG的散点图来对应IGM数据做的vmd的图你呢;还有就是IGM的散点图怎么也做成彩色的图。恳请各位解答,谢谢大家

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发表于 Post on 2019-8-22 18:13:00 | 只看该作者 Only view this author
“用RDG的散点图来对应IGM数据做的vmd的图”意义不明。利用Multiwfn+VMD,RDG的填色图和IGM填色图都可以直接绘制,在Multiwfn里也可以直接绘制相应形式的散点图
IGM散点图意义不大,没RDG的考察方便。如果真的需要绘制,把我提供的绘制填色RDG散点图的脚本稍微改一下就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-22 19:41:15 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师。就是有的分子用rdg的填色图有太多是不需要的,但是我又想和rdg的散点图对上;后来不是发现igm能很好的分片段来显示分子间的相互作用吗,我就想问,能不能写文章的时候说rdg的散点图有峰的地方就是igm填色图里显示。

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发表于 Post on 2019-8-23 16:33:04 | 只看该作者 Only view this author
jiaohui 发表于 2019-8-22 19:41
谢谢sob老师。就是有的分子用rdg的填色图有太多是不需要的,但是我又想和rdg的散点图对上;后来不是发现igm ...

RDG散点图的spike的位置和IGM散点图的峰的位置可能有的有明显区别
如果IGM填色等值面图和RDG图的这种图的等值面位置接近,那用RDG散点图的spike位置说事倒也未尝不可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-23 22:35:43 | 只看该作者 Only view this author
已经尝试了一下IGM填色图(等值面0.01),和RDG填色图(等值面0.5)这都是在multiwfn里面脚本确定的,把IGM的填色范围设成和RDG的一样,出来的结果就是一样的了,但是还有疑问就是,这两个的等值面不同会不会有什么别的问题呢;计算IGM时是不是也可以将成键的作用屏蔽掉。

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发表于 Post on 2019-8-23 22:40:08 | 只看该作者 Only view this author
jiaohui 发表于 2019-8-23 22:35
已经尝试了一下IGM填色图(等值面0.01),和RDG填色图(等值面0.5)这都是在multiwfn里面脚本确定的,把IGM ...

本身函数的定义就不同,肯定等值面形状不会完全相同
delta-g与强度相关,恰当设定delta-g等值面,自然就不会把化学键区域展现出来
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发表于 Post on 2019-8-24 04:11:48 | 只看该作者 Only view this author
从2019-Aug-24更新的Multiwfn开始,可以绘制具有填色效果的IGM散点图了,见最新版手册4.20.10.1节末尾
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好的,这就去学习一下,谢谢sob老师了。

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