力场参数怎么实验验证的问题

苏玖染

审稿人的意见：Force field accuracy in the Method section: Parameters were obtained by GAFF, RESP charges, and Kashefolgheta's work. However, this work does not show any validation of FFs in comparison to experimental data. Such validation is done, for example, by the water/octanol partition coefficient. Any validation is necessary and provides the accuracy of simulation results.

注：Kashefolgheta's work是我参考的含氧酸根的离子参数，因为我的小有机分子含有5个磺酸钠

如上审稿人所述，让我验证模拟参数的准确性，提出使用logP去验证，我的分子由于带5个磺酸钠肯定是强水溶性的，实验测试logP据说比较麻烦。

1. 但是模拟去做logP不是很了解，是分别在水相和正辛醇相中用热力学积分的方法计算溶解自由能吗？

2. 我的分子在正辛醇中是不电离的，gaff力场中没有磺酸钠的相关参数，如果用磺酸SO3H可能也行，但是这样做还有对比的意义么？在水溶液中是离子。。。

3. 有其它实验方法可以验证我的参数的正确性么？

sobereva

不一定非得用LogP，凡是其它能测也能模拟的属性都可以用于验证，比如密度（虽然对参数质量的敏感性不那么强，但多多少少也可以作为依据之一）

苏玖染

sobereva 发表于 2019-8-30 21:03
不一定非得用LogP，凡是其它能测也能模拟的属性都可以用于验证，比如密度（虽然对参数质量的敏感性不那么强 ...

谢谢sob老师！