酶与配体（PL）相互作用MD模拟中盒子的选择问题

xpyp · 发表于 Post on 2019-8-30 23:05:54

欲考察酶与配体（PL）相互作用，采用gmx作MD模拟。该 PL 体系为长条形，采用长方体盒子加的水比立方体少了很多。
但是MD中PL会旋转，导致PL与其镜像会发生作用。
拟采用 comm-mode    = angula
来消除旋转，请问 (1) 应采用

         comm-grps    = system
      comm-mode    = angula
还是用
         comm-grps    = protein_lig
      comm-mode    = angula

  (2) 采用上述命令，若能消除旋转，是否会引入人为因素造成假象，干扰了酶和配体的（正常）自然结合？恳请高手指教，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-31 00:57:53

如果你一开始模拟的就是酶已经和PL结合的状态，对配体+蛋白或者只对蛋白消转动就可以达到目的。

如果你的模拟一开始是酶和PL还没结合的状态，PL处于游离，那就必须得老老实实用大盒子，对protein或system消都起不到目的，而对protein+LP或LP消都引入了显著的人为因素

xpyp · 发表于 Post on 2019-8-31 14:04:57

sobereva 发表于 2019-8-31 00:57
如果你一开始模拟的就是酶已经和PL结合的状态，对配体+蛋白或者只对蛋白消转动就可以达到目的。

如果你 ...

我的体系初始状态是酶已经和PL结合的状态，请问对整个体系消除转动是否可行？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-31 20:09:38

xpyp 发表于 2019-8-31 14:04
我的体系初始状态是酶已经和PL结合的状态，请问对整个体系消除转动是否可行？

对整体消除转动等于对体系里每个分子自身都没有起到消除转动的目的

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