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[PSI4] PSI4计算SAPT出错

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发表于 2019-9-9 15:57:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 mozixingchen 于 2019-9-10 19:14 编辑

如题,PSI4已经成功安装,并运行算例正常。计算我自己的卤键二聚体体系时SAPT报错,其一:
0000.out:
    Estimated memory usage: 3172.3 MB

    Natural Orbital Cutoff:   1.000E-06
    Disp(T3) Truncation:            Yes
    CCD (vv|vv) Truncation:         Yes
    MBPT T2 Truncation:             Yes


Traceback (most recent call last):
  File "/home/wsco/psi4conda/bin/psi4", line 269, in <module>
    exec(content)
  File "<string>", line 50, in <module>
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/driver.py", line 492, in energy
    wfn = procedures['energy'][lowername](lowername, molecule=molecule, **kwargs)
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 3438, in run_sapt
    e_sapt = core.sapt(dimer_wfn, monomerA_wfn, monomerB_wfn)

RuntimeError:
Fatal Error: PSIO Error
Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1530822628409/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc on line: 129
The most recent 5 function calls were:

psi::PSIO::read(unsigned long, char const*, char*, unsigned long, psi::psio_address, psi::psio_address*)


    Psi4 stopped on: Saturday, 07 September 2019 03:41AM
    Psi4 wall time for execution: 0:00:58.00

*** Psi4 encountered an error. Buy a developer more coffee!

这个输入文件是已经优化后到收敛的初始结构。

而对于后面要分开的距离,就是初始结构时dimer1 和dimer2要扫描的初始d0+n*step(n > 1整数)的结构,运行时会出现第二个错误:
0001.out:
Iterations did not converge.
Traceback (most recent call last):
  File "/home/wsco/psi4conda/bin/psi4", line 269, in <module>
    exec(content)
  File "<string>", line 50, in <module>
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/driver.py", line 492, in energy
    wfn = procedures['energy'][lowername](lowername, molecule=molecule, **kwargs)
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 3371, in run_sapt
    monomerB_wfn = scf_helper('RHF', molecule=monomerB, **kwargs)
  File "/home/wsco/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 1363, in scf_helper
    e_scf = scf_wfn.compute_energy()

RuntimeError:
Fatal Error: Iterations did not converge.
Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1530822628409/work/psi4/src/psi4/libpsi4util/process.cc on line: 112
The most recent 5 function calls were:



    Psi4 stopped on: Monday, 09 September 2019 03:50AM
    Psi4 wall time for execution: 0:00:42.65

*** Psi4 encountered an error. Buy a developer more coffee!
*** Resources and help at github.com/psi4/psi4.


我的dimer中包含了碘,所以要用到yanshi ECP,我结构优化和sapt计算都用的DEF2-TZVP.
贴上输入文件:

0000.inp:
memory 4000 MB

molecule dimer {
-1  1
I     -2.775893    0.238966    0.000032
--
  1  1
I      0.137577   -0.464824   -0.000045
C      2.370065   -0.945653    0.000065
H      2.616873   -1.516799    0.892854
H      2.616935   -1.516900   -0.892643
C      3.026679    1.088792    1.216087
H      1.992955    1.422862    1.201711
H      3.710787    1.935267    1.211736
H      3.198734    0.467377    2.092406
C      4.700870   -0.173847   -0.000097
H      5.350758    0.700682   -0.000187
H      4.878334   -0.773188   -0.889816
H      4.878500   -0.773124    0.889633
C      3.026471    1.088819   -1.215988
H      3.710477    1.935374   -1.211667
H      1.992707    1.422765   -1.201492
H      3.198518    0.467464   -2.092352
N      3.277246    0.264288    0.000018
}
dimerdist=    2.997270

set {
basis Def2-TZVP
scf_type DF
freeze_core True
}

energy('sapt2+(3)dmp2')
E_disp = get_variable('SAPT DISP ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_elst = get_variable('SAPT ELST ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_exch = get_variable('SAPT EXCH ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_ind = get_variable('SAPT IND ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_tot = get_variable('SAPT TOTAL ENERGY') * psi_hartree2kcalmol

psi4.print_out("\n")
psi4.print_out(" Summary of SAPT result (kcal/mol)\n")
psi4.print_out(" Distance      E_tot     E_elst     E_exch     E_disp      E_ind\n")
psi4.print_out("%s %6.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % ("R=",dimerdist,E_tot,E_elst,E_exch,E_disp,E_ind))


0001.inp:
molecule dimer {
-1  1
I     -2.775893    0.238966    0.000032
--
  1  1
I      0.234781   -0.488305   -0.000048
C      2.467269   -0.969134    0.000062
H      2.714077   -1.540280    0.892851
H      2.714139   -1.540381   -0.892646
C      3.123883    1.065311    1.216084
H      2.090159    1.399381    1.201708
H      3.807991    1.911786    1.211733
H      3.295938    0.443896    2.092403
C      4.798074   -0.197328   -0.000100
H      5.447962    0.677201   -0.000190
H      4.975538   -0.796669   -0.889819
H      4.975704   -0.796605    0.889630
C      3.123675    1.065338   -1.215991
H      3.807681    1.911893   -1.211670
H      2.089911    1.399284   -1.201495
H      3.295722    0.443983   -2.092355
N      3.374450    0.240807    0.000015
}
dimerdist=    3.097270


set {
basis Def2-TZVP
scf_type DF
freeze_core True
}

energy('sapt2+(3)dmp2')
E_disp = get_variable('SAPT DISP ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_elst = get_variable('SAPT ELST ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_exch = get_variable('SAPT EXCH ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_ind = get_variable('SAPT IND ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_tot = get_variable('SAPT TOTAL ENERGY') * psi_hartree2kcalmol

psi4.print_out("\n")
psi4.print_out(" Summary of SAPT result (kcal/mol)\n")
psi4.print_out(" Distance      E_tot     E_elst     E_exch     E_disp      E_ind\n")
psi4.print_out("%s %6.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % ("R=",dimerdist,E_tot,E_elst,E_exch,E_disp,E_ind))

请各位老师帮忙看下怎么解决这个问题,多谢,多谢!不胜感激!







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发表于 2019-9-9 18:44:29 | 显示全部楼层
看输出文件判断是否是SCF不收敛,是的话尝试有可能解决SCF不收敛的关键词
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 楼主| 发表于 2019-9-9 20:19:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-9 18:44
看输出文件判断是否是SCF不收敛,是的话尝试有可能解决SCF不收敛的关键词

谢谢老师回复!sob老师,请问我的第一个问题  RuntimeError:   Fatal Error: PSIO Error  出错 是什么原因?我的第一个结构是优化过后收敛的。
另外,要是在输入文件.inp中添加SCFS收敛关键词要在哪里添加?例如要加入:SCF=conver=N?怎么编写输入文件? 多谢多谢!

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发表于 2019-9-9 22:46:28 | 显示全部楼层
PSIO Error 检查你的scratch目录是否写满,不收敛可以试一试SOSCF(SOSCF true)。然而我算了一下并没有碰到不收敛

请问sober老师这里用def2-TZVP这个基组算sapt2+(3)dmp2可以不?(I负离子没加弥散,而且[Parker:2014:094106]里面测试的全部都带弥散函数)我对比了一下和aug-cc-pVTZ(I aug-cc-pVTZ-pp)的结果:
Distance      E_tot     E_elst     E_exch     E_disp      E_ind
R=  3.003    -82.743    -87.720     59.084    -12.506    -41.601   sapt2+(3)dmp2 aTZ
R=  3.003    -82.345    -88.791     56.696    -10.958    -39.292   sapt2+(3)dmp2 def2-TZVP
R=  3.003    -83.102    -87.984     59.204    -13.052    -41.271   sapt2+             aDZ(I aTZ)
R=  3.003    -79.442    -88.951     60.054     -9.499     -41.046   sapt2+             aDZ
R=  3.003    -67.848    -85.784     56.909     -7.771     -31.201   ssapt0              jaDZ
总能量很吻合,但是分解的各个部分都有差别,只是抵消得不错

PS:题主那篇文献的结果越看越有问题

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发表于 2019-9-10 06:24:41 | 显示全部楼层
mutron 发表于 2019-9-9 22:46
PSIO Error 检查你的scratch目录是否写满,不收敛可以试一试SOSCF(SOSCF true)。然而我算了一下并没有碰 ...

如果I是离子形式存在的,而且SAPT要算的就是其它部分与这个I-的相互作用,那么I应当用带弥散函数的
其它情况def2-TZVP够了
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 楼主| 发表于 2019-9-10 10:48:17 | 显示全部楼层
mutron 发表于 2019-9-9 22:46
PSIO Error 检查你的scratch目录是否写满,不收敛可以试一试SOSCF(SOSCF true)。然而我算了一下并没有碰 ...

谢谢老师回复!您还亲自测试了,还用不同基组做比较,提出了非常关键的基组问题,非常感激!
对于 PSIO Error 问题,我检查了安装时的export PSI_SCRATCH的路径下的文件夹,全部清理掉,重新计算也还是会出现这个问题。或者您说的SCRATCH目录是这个Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1530822628409/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc 吗?这个貌似不是一个文件夹也不是文件,找不到。您计算的时候有没有在输入文件里面做出什么修改?直接运行不会报错吗?
我看到另外一个帖子有说是内存问题的,但是我提高内存到6000 MB,8000MB甚至到10Gb都还是会出现PSIO Error 这个同样的问题。写的比较啰嗦,请老师见谅!期待您的回复!多谢!

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发表于 2019-9-10 18:55:54 | 显示全部楼层
mozixingchen 发表于 2019-9-10 10:48
谢谢老师回复!您还亲自测试了,还用不同基组做比较,提出了非常关键的基组问题,非常感激!
对于 PSIO  ...

你的scratch目录所在的分区空间够不够?PSI4安装默认是把临时文件放在系统分区的tmp目录下面,你的体系计算时大概需要6G的空间,检查一下是不是系统分区空间不够了。没更改scratch路径前算aTZ就碰到过一样的PSIO Error,单纯就是分区写满了。我直接复制粘贴你的所有输入文件运行的,没改动任何地方

需要注意一下,按照sober老师的回复,你至少应该给碘负离子加上弥散。当然如果你只是想学习重复一下文献结果那没所谓

最好别设置帖子权限,这不是未发表研究,为了以后上论坛碰到同样错误的人能借鉴一下经验

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 楼主| 发表于 2019-9-11 09:15:12 | 显示全部楼层
mutron 发表于 2019-9-10 18:55
你的scratch目录所在的分区空间够不够?PSI4安装默认是把临时文件放在系统分区的tmp目录下面,你的体系计 ...

受益匪浅,我这就去分区,非常感谢老师!我已取消权限。谢谢老师提醒!

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 楼主| 发表于 2019-9-11 09:15:43 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-10 06:24
如果I是离子形式存在的,而且SAPT要算的就是其它部分与这个I-的相互作用,那么I应当用带弥散函数的
其它 ...

谢谢sob老师回复!多谢!多谢!

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发表于 前天 16:56 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-10 06:24
如果I是离子形式存在的,而且SAPT要算的就是其它部分与这个I-的相互作用,那么I应当用带弥散函数的
其它 ...

好像大部分文章都是sapt2+(3)dmp2结合aug-cc-pVTZ基组,体系大一点就直接用DFT-SAPT。稍微试了一下几个体系,总能量误差又挺小(0.5kcal左右)。老师,不知道用def2-TZVP(或者自己配基组)会不会让别人诟病

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发表于 8 小时前 | 显示全部楼层
mutron 发表于 2019-9-19 16:56
好像大部分文章都是sapt2+(3)dmp2结合aug-cc-pVTZ基组,体系大一点就直接用DFT-SAPT。稍微试了一下几个体 ...

能加弥散尽量加上弥散,否则可能招人诟病
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