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[Amber] 做小分子参数遇到的问题,请大神帮忙

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发表于 2019-9-9 16:35:02 | 显示全部楼层 |阅读模式
$ antechamber -i vo4-c.out -fi gout -o vo4-c.mol2 -fo mol2 -nc 0 -c resp

For atom[1]:V1, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen

The frozen atom type can only be 1, 2, 3, 7 (aromatic single), 8 (aromatic double)Error: cannot run "/opt/amber16/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit
出现了这样的错误,请问应该怎么解决,ASP 代表什么

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发表于 2019-9-10 06:27:14 | 显示全部楼层
明明是APS

用.mol2作为输入文件,并且确保里面的形式键级都比较普通(可以在gview里看来确认)。如果能产生成功,之后RESP电荷用Multiwfn算(做法看http://sobereva.com/441http://sobereva.com/476),之后手动填进去即可
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发表于 2019-9-11 13:25:11 | 显示全部楼层
这种情况好像加上  -dr no  ,warning就会不见.

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 楼主| 发表于 2019-9-12 16:14:24 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-10 06:27
明明是APS

用.mol2作为输入文件,并且确保里面的形式键级都比较普通(可以在gview里看来确认)。如果能 ...

谢谢

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 楼主| 发表于 2019-9-12 16:14:49 | 显示全部楼层
hamtaro 发表于 2019-9-11 13:25
这种情况好像加上  -dr no  ,warning就会不见.

感谢指导

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-10 06:27
明明是APS

用.mol2作为输入文件,并且确保里面的形式键级都比较普通(可以在gview里看来确认)。如果能 ...

sob老师你好,请问钒酸盐离子(VO4 3-)的自旋多重度怎么确定啊,或者是多少

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
zkzk 发表于 2019-9-16 08:45
sob老师你好,请问钒酸盐离子(VO4 3-)的自旋多重度怎么确定啊,或者是多少

1、3、5都算算,谁低用谁
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