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[GROMACS] 求助甲烷水合物结构能量最小化错误

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发表于 2019-9-10 12:18:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
我用 GenIce 做了一个 2x2x3 的简单I型水合物模型,在用 gromacs 进行能量最小化时候,出现
  1. Fatal error:
  2. There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
  3. consisting of 4 atoms. The longest distance involved in such interactions is
  4. 2.079 nm which is above half the box length. This molecule type consists of
  5. muliple parts, e.g. monomers, that are connected by interactions that are not
  6. chemical bonds, e.g. restraints. Such systems can not be treated. The only
  7. solution is increasing the box size.
复制代码
这是什么原因?我查看了一下,盒子的大小是 2.4 nm x 2.4 nm x 3.6 nm,水分子模型是 TIP4P/ICE,采用 OPLS-AA 力场,从 gromacs,甲烷分子用 OPLS_066,其他的cs1.gro,topol.top 和 em.mdp 在附件里。

topol.top

441 Bytes, 下载次数: 8

em.mdp

1013 Bytes, 下载次数: 4

cs1.gro

102.03 KB, 下载次数: 4

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发表于 2019-9-10 15:08:22 | 显示全部楼层
本帖最后由 liuyuje714 于 2019-9-10 15:13 编辑

简单的看了一下,如果你gmx grompp时候忽略了太多warn,那么是错误的。因为你的top分子顺序根本与gro文件不对应。你应该调整好top中的[molecules]部分的分子顺序。

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 楼主| 发表于 2019-9-10 16:02:09 | 显示全部楼层
liuyuje714 发表于 2019-9-10 15:08
简单的看了一下,如果你gmx grompp时候忽略了太多warn,那么是错误的。因为你的top分子顺序根本与gro文件不 ...

谢谢帮助。原来是这个地方错了,改过来就对了。

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发表于 2019-9-12 16:54:12 | 显示全部楼层
noir 发表于 2019-9-10 16:02
谢谢帮助。原来是这个地方错了,改过来就对了。

您好,我最近遇到了相同的问题,想问您是怎么解决的,麻烦您了

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 楼主| 发表于 昨天 16:54 | 显示全部楼层
乐嘻嘻嘻 发表于 2019-9-12 16:54
您好,我最近遇到了相同的问题,想问您是怎么解决的,麻烦您了

[ moleculetype ] 给的分子先后顺序和 [ molecules ] 给的顺序不一样

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发表于 昨天 20:56 | 显示全部楼层
noir 发表于 2019-9-20 16:54
[ moleculetype ] 给的分子先后顺序和 [ molecules ] 给的顺序不一样

好的,我再试一下,麻烦您了
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