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[Amber] 关于动力学模拟添加盒子求助

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发表于 2019-9-10 14:05:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
对于单个分子(小的配合物)而言,如果想将高斯优化得到的结构与动力学模拟的结果进行对比来验证力场的合理性,应该如何设置盒子呢?

高斯的优化是在298.15K,真空下进行的(实际是忽略分子热运动),频率计算是在298.15K,1atm下进行的。但动力学模拟加入igb=6关键词之后,就只能设置成0压力。

想请问,有没有一种动力学模拟可以添加“空气盒子”这种东西呢?这样就可以不添加solventbox,但进行npt模拟...

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发表于 2019-9-10 19:30:09 | 显示全部楼层
量化程序优化的结构和MD程序做动力学模拟的结果没法直接对比来验证力场合理性,能对比的只有MD程序做能量极小化后的结构

“高斯的优化是在298.15K”明显你对Gaussian到底算的是什么缺乏最基本的了解,仔细看下文
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html
结构和频率根本和温度、压力毫无关系

在amber里你不设盒子、不用PBC就完了。一个分子做NPT毫无意义

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的标题“关于动力学模拟添加盒子”改了,以后务必注意
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 楼主| 发表于 2019-9-11 00:00:55 | 显示全部楼层
好的,感谢!

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 楼主| 发表于 2019-9-11 00:02:48 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-10 19:30
量化程序优化的结构和MD程序做动力学模拟的结果没法直接对比来验证力场合理性,能对比的只有MD程序做能量极 ...

另请问,能量最小化后的能量是否可以对比呢?感觉高斯输出文件里面的能量,和MD能量最小化mdinfo里的能量差的比较远,是说明力场不合理吗?

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发表于 2019-9-11 09:22:58 | 显示全部楼层
hamtaro 发表于 2019-9-11 00:02
另请问,能量最小化后的能量是否可以对比呢?感觉高斯输出文件里面的能量,和MD能量最小化mdinfo里的能量 ...

没法对比。量化算出来的总能量和力场算出来的总能量物理意义完全不同
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 楼主| 发表于 2019-9-11 11:19:46 | 显示全部楼层
好的,谢谢sob老师~

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 楼主| 发表于 2019-9-11 12:15:17 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-11 09:22
没法对比。量化算出来的总能量和力场算出来的总能量物理意义完全不同

请问它们总能量的意义分别是什么呢?

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发表于 2019-9-12 11:00:04 | 显示全部楼层
hamtaro 发表于 2019-9-11 12:15
请问它们总能量的意义分别是什么呢?

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 楼主| 发表于 2019-9-12 23:10:33 | 显示全部楼层
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