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先贴一下sander输入文件：
能量最小化：
Minimize
&cntrl
imin=1,
maxcyc=10000,
ncyc=8000,
ntb=0,
igb=6,
cut=12.0,
/
动力学：
Heat
&cntrl
imin=0,
ntb=0,
igb=6,
ntpr=100,
ntwx=100,
ntt=3,
gamma_ln=1.0,
tempi=298.15,
temp0=298.15,
nstlim = 125000,
dt=0.001,
cut=12.0,
/
<1>结构
cpptraj输入文件：
trajin 02_Heat.mdcrd
reference 01_Min.rst
rmsd 1-21@C*,N*,O*,S*,Cl,F,Br,I reference mass out 02_03.rms time 2.0 :1
最后分析动力学模拟轨迹的rmsd，结构参考值为第一步能量最小化的结构（out文件无warning无error），结构变化很大：
#Frame 1-21@C*,N*,O*,S*,Cl,F,Br,I
2 0.5195
4 0.7701
6 1.2296
8 1.4360
10 1.2673
12 1.2589
14 1.5583
16 1.0306
18 0.5884
20 0.3878
22 0.6571
24 0.6544
26 1.2297
28 1.2091
30 1.2976
32 0.9407
34 0.9935
36 0.6751
38 1.0102
40 0.9628
42 0.7344
44 0.3729
46 0.8077
48 1.1088
50 1.1220
52 1.0757
54 1.2066
56 0.9840
58 0.9447
60 1.4254
62 1.4480
64 0.6520
66 0.7079
68 0.3468
70 0.8480
72 1.1249
74 1.4120
76 1.2779
78 1.0142
80 0.8253
82 0.6927
84 0.7797
86 0.3961
88 0.2652
90 0.6029
92 0.9654
94 0.8857
96 0.7756
98 0.9552
100 1.2761
102 1.5508
104 1.3193
106 1.0616
108 1.0190
110 0.9306
112 0.6755
114 0.4233
116 0.4457
118 0.5644
120 0.7780
122 1.0075
124 1.0685
126 1.4463
128 1.2200
130 0.8379
132 1.1245
134 0.8876
136 1.1826
138 1.3485
140 1.1399
142 1.3506
144 1.3675
146 1.1374
148 0.8966
150 0.9028
152 0.8035
154 1.4688
156 1.2008
158 1.4912
160 1.2328
162 1.2152
164 1.0747
166 0.9806
168 0.7438
170 1.0049
172 1.4706
174 0.8494
176 0.8110
178 0.8011
180 0.8717
182 1.1036
184 1.0811
186 1.1951
188 0.9814
190 1.0591
192 0.8755
194 0.7783
196 0.9824
198 1.0323
200 0.7372
202 1.1299
204 0.8616
206 1.0644
208 1.1778
210 1.2745
212 0.8921
214 0.6494
216 0.9577
218 1.1575
220 1.3834
222 1.4059
224 0.6882
226 0.6528
228 0.5222
230 0.4274
232 0.4452
234 0.5399
236 0.5245
238 0.8859
240 1.0108
242 1.2843
244 1.4541
246 1.0691
248 0.8380
250 0.7597
252 1.1824
254 1.3703
256 1.1429
258 0.9039
260 1.1199
262 1.4774
264 1.2653
266 0.8619
268 0.8550
270 0.9825
272 0.7605
274 0.8120
276 1.1046
278 1.4853
280 1.3007
282 1.2968
284 1.2732
286 1.4066
288 1.5954
290 0.9863
292 0.7657
294 0.7087
296 0.8796
298 0.9744
300 0.9507
302 0.5335
304 0.6509
306 0.8267
308 0.9201
310 1.0306
312 1.2178
314 0.9890
316 0.5190
318 0.4752
320 1.0562
322 1.1305
324 1.3000
326 1.3021
328 1.1313
330 1.2220
332 1.3173
334 1.1398
336 1.0729
338 1.1818
340 0.9122
342 0.9938
344 1.2035
346 1.3059
348 0.7646
350 0.7491
352 1.1721
354 1.6855
356 1.3512
358 0.6088
360 0.4819
362 0.6257
364 0.6593
366 0.8781
368 1.0059
370 1.1068
372 0.8959
374 0.7712
376 0.6394
378 0.9463
380 0.8015
382 0.9111
384 1.0122
386 0.9419
388 0.8390
390 1.0744
392 1.2504
394 1.2641
396 0.7597
398 0.7191
400 0.6813
402 0.9101
404 0.5021
406 0.2517
408 0.4664
410 1.0592
412 1.2440
414 1.3991
416 1.1924
418 1.2220
420 0.4478
422 0.2935
424 0.5209
426 0.5655
428 0.4837
430 0.7343
432 0.2590
434 0.4023
436 0.4139
438 0.4096
440 0.4862
442 0.8181
444 1.1068
446 1.2277
448 0.6727
450 0.4918
452 0.3102
454 0.3968
456 0.5211
458 0.5212
460 0.7153
462 0.8925
464 0.6202
466 0.3888
468 0.4010
470 0.3689
472 0.5042
474 1.1763
476 1.1461
478 1.3217
480 1.2120
482 1.1456
484 1.0248
486 0.9111
488 0.4828
490 0.6236
492 0.4440
494 0.4962
496 0.4047
498 0.7208
500 0.6336
请问这种情况下，是否说明力场参数不合理呢？
<2>能量
第一步能量最小化的输出：
NSTEP ENERGY RMS GMAX NAME NUMBER
9097 2.1554E+01 8.4313E-05 2.1791E-04 N4 16
BOND = 0.2773 ANGLE = 9.6626 DIHED = 0.3267
VDWAALS = -2.6326 EEL = -24.1197 EGB = 0.0000
1-4 VDW = -1.2257 1-4 EEL = 39.2653 RESTRAINT = 0.0000
第二步动力学模拟的输出：
NSTEP = 125000 TIME(PS) = 125.000 TEMP(K) = 301.28 PRESS = 0.0
Etot = 57.4738 EKtot = 18.8590 EPtot = 38.6148
BOND = 7.6017 ANGLE = 16.0695 DIHED = 2.4331
1-4 NB = -1.2577 1-4 EEL = 39.5221 VDWAALS = -2.9089
EELEC = -22.8449 EGB = 0.0000 RESTRAINT = 0.0000
总能量是正值，成键能>非键，但1-4EEL也是正值，是否说明电荷不合理呢？
process_mdout.perl程序分析动力学模拟的输出，得到平均能量：EKTOTavg=18.3823 EPTOTavg=38.593 ETOTavg=56.975
高斯优化该分子的时候，最后的能量是-8261.712a.u.,hartree 换算成 kcal/mol之后是-13.16kcal/mol，感觉也差太多...
是否因为能量只是相对值，所以qm和md的结果无法对比？如果是这样的话，怎么从能量的角度判断力场的合理性呢？
备注：整个体系只有一个单独的化合物
抱歉一下子贴了很多，问题有用稍大一点的字体标注出来，谢谢！
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发表于 Post on 2019-9-10 14:37:44
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