计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 15543|回复 Reply: 24
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 二面角势能项拟合的问题

[复制链接 Copy URL]

147

帖子

0

威望

2434

eV
积分
2581

Level 5 (御坂)

请教一下关于二面角势能项拟合的问题,看sob老师的帖子http://sobereva.com/5给出了详细的过程,但是对于其中的第二步和第三步还是不理解,不知道应该如何操作。
例如,第二步“设一个模型,去掉二面角项,保留其它作用能,比如非键作用能”,这个模型应该如何建立呢?
          第三步“计算这个模型的二面角扭转的MM能量,一般得到的就是1-4EEL/VDW在这个扭转过程中的贡献”,这一步如何由计算获得呢?

请各位老师帮忙,可否举一个简单的例子,比如下面的这个分子的4-3-12-14这个二面角,谢谢。



6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-9-13 06:53:52 | 只看该作者 Only view this author
具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》(http://sobereva.com/474
2 对当前体系照常产生拓扑文件,但是把那个二面角项去除,然后算(1)的扫描曲线上每个点的MM能量
3 将(1)的能量减去(2)的能量,剩下的部分就是纯粹应当由二面角扭转项描述的势能曲线。将这个作为被拟合对象,用Origin程序或自己写的程序拟合扭转项参数即可。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

147

帖子

0

威望

2434

eV
积分
2581

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-14 11:51:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-13 06:53
具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》(http:/ ...

原来是这样,谢谢sob老师的耐心解答。

147

帖子

0

威望

2434

eV
积分
2581

Level 5 (御坂)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-27 11:09:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yaochuang 于 2019-9-27 11:37 编辑

sobereva 发表于 2019-9-13 06:53
具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》(http:/ ...

sob老师,我第二步是这样的做的,请帮我看一下是否正确,谢谢。
a. 照常产生拓扑文件,然后将其中包含扫描二面角项的去除;
b. 利用Gromacs,对(1)中的每一个扫描结构计算一次能量。
    每次计算的步骤是:将一个分子放入10 nm的立方盒子中;然后计算能量,使用的mdp文件如下;最后读取输出文件中的Potential Energy作为第二步的能量(总感觉这个能量不对,但是又没有其他的能量输出了)。



6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2019-9-28 03:26:08 | 只看该作者 Only view this author
yaochuang 发表于 2019-9-27 11:09
sobereva 发表于 2019-9-13 06:53

sob老师,我第二步是这样的做的,请帮我看一下是否正确,谢谢。

不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子,用简单截断方式来算非键作用,而且截断阈值设无穷远
下面是个这种情况的模板mdp
md_nopbc.mdp (594 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 95)

你把扫描的每一帧的结构一起保存成一个多帧的pdb文件,把mdp搞成tpr文件,然后mdrun加上-rerun [多帧pdb名字],这样每一帧的能量都会被算一次,然后从edr文件中提取能量曲线即可

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

282

帖子

0

威望

3021

eV
积分
3303

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2019-9-28 05:20:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-28 03:26
不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子,用简单截断方式来算非键作用,而且截断阈值设无穷远
下面是个这种 ...

我想问一下为什么这个mdp中,分子没有freeze住啊?这样会不会转到其他的构型上去?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2019-9-28 08:20:48 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2019-9-28 05:20
我想问一下为什么这个mdp中,分子没有freeze住啊?这样会不会转到其他的构型上去?

对于LZ当前的情况,这个mdp不是用来跑MD的,并不会新生成轨迹,只是rerun一下事先提供的轨迹而已
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

282

帖子

0

威望

3021

eV
积分
3303

Level 5 (御坂)

8#
发表于 Post on 2019-9-28 10:47:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-28 08:20
对于LZ当前的情况,这个mdp不是用来跑MD的,并不会新生成轨迹,只是rerun一下事先提供的轨迹而已

哦,我明白了,谢谢。这样确实比freeze分子再跑MD方便多了。

147

帖子

0

威望

2434

eV
积分
2581

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-28 15:27:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-28 03:26
不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子,用简单截断方式来算非键作用,而且截断阈值设无穷远
下面是个这种 ...

太好了,谢谢sob老师。

140

帖子

0

威望

823

eV
积分
963

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2021-2-28 16:10:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-28 08:20
对于LZ当前的情况,这个mdp不是用来跑MD的,并不会新生成轨迹,只是rerun一下事先提供的轨迹而已

请问sob老师,对于MM的能量,用amber和gromacs计算得到都可以吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2021-2-28 20:11:29 | 只看该作者 Only view this author
现在就好 发表于 2021-2-28 16:10
请问sob老师,对于MM的能量,用amber和gromacs计算得到都可以吗?

可以,任何基于分子力场的程序都能算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

140

帖子

0

威望

823

eV
积分
963

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2021-2-28 20:58:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-28 20:11
可以,任何基于分子力场的程序都能算

谢谢老师的回复

223

帖子

1

威望

1227

eV
积分
1470

Level 4 (黑子)

13#
发表于 Post on 2023-1-1 15:31:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-13 06:53
具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》(http:/ ...

社长好,如果涉及到一个分子内部有多个二面角需要拟合,怎么办呢?QC是对每个二面角单独进行扫描,MM在去除二面角项时,其他待拟合二面角怎么处理呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2023-1-2 06:23:47 | 只看该作者 Only view this author
社会主义小战士 发表于 2023-1-1 15:31
社长好,如果涉及到一个分子内部有多个二面角需要拟合,怎么办呢?QC是对每个二面角单独进行扫描,MM在去 ...

量化计算不是只能做一维扫描,多少维都能做,仔细看下文
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

如果两个二面角彼此之间不需要明确地考虑耦合,就构建两个模型体系(也可能一个就够),分别拟合两个二面角参数。
有的二面角之间的耦合可能特别重要、不容忽视,可能需要专门给予耦合项,比如AMBER19SB为了更好地描述蛋白质骨架的phi和psi二面角的耦合,特意对二者做二维扫描并拟合cmap,具体看力场原文。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

209

eV
积分
218

Level 3 能力者

15#
发表于 Post on 2024-3-4 17:08:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-1-2 06:23
量化计算不是只能做一维扫描,多少维都能做,仔细看下文
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://soberev ...

请问一下,对同一个物质中的两个二面角分别进行势能面扫描,在第一个体系完成后的.fch文件生成的resp电荷可以用在第二个势能面扫描结果的力场中拟合吗?如果第二个势能面也需要求resp电荷的话,那写入力场文件中的电荷项怎么处理?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 08:04 , Processed in 0.245006 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list