二面角势能项拟合的问题

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-5 02:14:23

tytzqtian123 发表于 2024-3-4 17:08
请问一下，对同一个物质中的两个二面角分别进行势能面扫描，在第一个体系完成后的.fch文件生成的resp电荷 ...

势能面扫描和算RESP电荷没有直接关系
Gaussian里的势能面扫描不牵扯原子电荷的事；如果是分子力学程序里做扫描，实际做模拟时候用什么原子电荷，扫描所有二面角的时候原子电荷就用什么

tytzqtian123 · 发表于 Post on 2024-3-5 15:44:55

sobereva 发表于 2024-3-5 02:14
势能面扫描和算RESP电荷没有直接关系
Gaussian里的势能面扫描不牵扯原子电荷的事；如果是分子力学程序里 ...

感谢sob老师

lts！ · 发表于 Post on 2025-9-5 17:13:46

sobereva 发表于 2019-9-28 03:26
不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子，用简单截断方式来算非键作用，而且截断阈值设无穷远
下面是个这种 ...

老师，如何将gaussian扫描得到的后每一帧结构一起保存为一个多帧的pdb文件呀，我用gview保存的时候报错了

lts！ · 发表于 Post on 2025-9-5 17:20:02

lts！发表于 2025-9-5 17:13
老师，如何将gaussian扫描得到的后每一帧结构一起保存为一个多帧的pdb文件呀，我用gview保存的时候报错了 ...

这个在老师您另一个回复的贴子里找到答案啦！http://bbs.keinsci.com/thread-32905-1-1.html

lts！ · 发表于 Post on 2025-9-5 17:30:32

sobereva 发表于 2019-9-28 03:26
不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子，用简单截断方式来算非键作用，而且截断阈值设无穷远
下面是个这种 ...

老师，我不是很明白这个原理，这个mdp文件会给每个帧都跑200ps，跑出来的能量不是个固定的值呀，如何理解呢

snljty2 · 发表于 Post on 2025-9-5 22:22:54

lts！发表于 2025-9-5 17:30
老师，我不是很明白这个原理，这个mdp文件会给每个帧都跑200ps，跑出来的能量不是个固定的值呀，如何理解 ...

用了-rerun xxx.trr后不会去用.mdp里面的步数信息，只会按照提供的轨迹，重新计算轨迹每一帧的能量。

lts！ · 发表于 Post on 2025-9-6 10:35:50

snljty2 发表于 2025-9-5 22:22
用了-rerun xxx.trr后不会去用.mdp里面的步数信息，只会按照提供的轨迹，重新计算轨迹每一帧的能量。

嗷嗷好的谢谢！，那rerun会读取mdp哪些信息呢？

lts！ · 发表于 Post on 2025-9-6 13:43:04

sobereva 发表于 2019-9-13 06:53
具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》（http:/ ...

老师，有个问题啊，这在二面角扫描时，对于4-3-12-14的这二面角转动的同时，4-3-12-13也在跟着一起转呀，这得到的曲线包含了两个二面角的信息吗

snljty2 · 发表于 Post on 2025-9-6 16:36:08

lts！发表于 2025-9-6 10:35
嗷嗷好的谢谢！，那rerun会读取mdp哪些信息呢？

我感觉这里主要是库伦和范德华作用的计算方式、截断半径。

snljty2 · 发表于 Post on 2025-9-6 16:36:33

lts！发表于 2025-9-6 13:43
老师，有个问题啊，这在二面角扫描时，对于4-3-12-14的这二面角转动的同时，4-3-12-13也在跟着一起转呀， ...

对，原理上你得把这四个二面角项都去掉，一起拟合。

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