Gromacs模拟同一体系，同一台机器，不同阶段耗时差距非常大是否正常

yaochuang · 发表于 Post on 2019-9-14 12:22:20

         请教各位老师，我在利用Gromacs做一个体系的模拟时一共设置了三个模拟阶段：第一个阶段是快速压缩体系；第二个阶段是循环退火；第三个阶段是NPT跑平衡。
         结果是三个过程的运行效率差别很大，第一步和第二步的效率是1.2 ns/day，第三步的效率是20 ns/day。

         以下是我的三个mdp文件，请各位老师帮我看看设置的mdp文件是否合适，为什么三个阶段的差别会这么大呢，是否正常？
         谢谢！

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-9-14 17:57:50

猜测第一阶段快速压缩因为我好像记得PME的格点计算和盒子大小有关所以压缩前盒子巨大当然慢了
第二块annealing用了free energy部分的功能有些不能用gpu加速所以慢一点
第三阶段正常速度

ggdh · 发表于 Post on 2019-9-15 11:14:41

本帖最后由 ggdh 于 2019-9-15 12:11 编辑

很奇怪，我的一个体系也是这样，先NVT退火，再NPT退火（体积缩小10倍），然后跑平衡，但三者的任务速度基本一样

yaochuang · 发表于 Post on 2019-9-15 16:47:36

wuzhiyi 发表于 2019-9-14 17:57
猜测第一阶段快速压缩因为我好像记得PME的格点计算和盒子大小有关所以压缩前盒子巨大当然慢了
第二块an ...

三个任务都没有使用GPU加速，只使用了12核的CPU

yaochuang · 发表于 Post on 2019-9-15 16:49:10

ggdh 发表于 2019-9-15 11:14
很奇怪，我的一个体系也是这样，先NVT退火，再NPT退火（体积缩小10倍），然后跑平衡，但三者的任务速度基本 ...

那你的应该还算正常吧，我的速度差距太大感觉不太正常，你使用GPU加速了吗？

ggdh · 发表于 Post on 2019-9-16 13:28:36

yaochuang 发表于 2019-9-15 16:49
那你的应该还算正常吧，我的速度差距太大感觉不太正常，你使用GPU加速了吗？

用了
我建议你把每个tpr 重新跑一遍看看能不能重复
跑2万步，从1万步开始计时

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