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[新手求助] 求助是否需要加弥散

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社长,我的单个分子是有氢键的,是否需要加弥散函数呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-16 19:01:11 | 只看该作者 Only view this author
请问优化单个分子是否需要加弥散,我之前优化用的是,b3lyp/6-31G**

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发表于 Post on 2019-9-16 19:46:21 | 只看该作者 Only view this author
社長:b3lyp又不加DFT-D3

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发表于 Post on 2019-9-16 19:47:37 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-16 21:10:30 | 只看该作者 Only view this author
sige 发表于 2019-9-16 19:47
看此贴http://sobereva.com/119

看过了,谢谢您,但是还是不确定应不应该加。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-16 21:13:01 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2019-9-16 19:46
社長:b3lyp又不加DFT-D3

加d3了,谢谢您。

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发表于 Post on 2019-9-16 22:42:32 | 只看该作者 Only view this author
这不是看你需要用来做什么吗?
如果你需要研究这个氢键的相互作用力,那就加
如果你只是做一个几何结构优化看看长啥样就不加
上海交通大学计算化学与分子生物信息学实验室
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发表于 Post on 2019-9-16 23:01:47 | 只看该作者 Only view this author
结构优化,用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能,算能量时候应当加弥散

以后记得,加了D3的时候必须明确说清楚,B3LYP和B3LYP-D3有天壤之别

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-17 08:25:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-16 23:01
结构优化,用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能,算能量时候应当加弥 ...

好的,谢谢社长!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-17 08:25:47 | 只看该作者 Only view this author
DoubeeTwT 发表于 2019-9-16 22:42
这不是看你需要用来做什么吗?
如果你需要研究这个氢键的相互作用力,那就加
如果你只是做一个几何结构优 ...

明白了,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-18 21:37:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-16 23:01
结构优化,用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能,算能量时候应当加弥 ...

社长,我还想问一下,我接下来要用gromacs考察动力学分子间氢键,请问我现在用b3lyp-d3/6-311G**进行结构优化需要加弥散函数吗?

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发表于 Post on 2019-9-19 16:20:30 | 只看该作者 Only view this author
明园 发表于 2019-9-18 21:37
社长,我还想问一下,我接下来要用gromacs考察动力学分子间氢键,请问我现在用b3lyp-d3/6-311G**进行结构 ...

做动力学之前甚至都不是非得做几何优化

不需要
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-23 10:02:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-19 16:20
做动力学之前甚至都不是非得做几何优化

不需要

好的,谢谢社长。

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发表于 Post on 2022-7-2 13:14:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-16 23:01
结构优化,用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能,算能量时候应当加弥 ...

社长,我想研究卟啉镍结构、Mayer键级、活性位点等性质,选用泛函基组是TPSSH/6-311g**。在探究电场对卟啉镍结构性质的影响时,对重原子加了弥散,发现在不加电场时结构优化,加不加弥散对卟啉镍结构有很大的影响。因为已经在不加弥散条件下做了很多计算和分析,想问一下对卟啉镍来说,在TPSSH/6-311g**下加不加弥散原理上谁更可信?在探究卟啉镍结构性质时不加弥散,探究结构随电场变化时加弥散,这样造成文章前后不一致、结构有差别是不是不好。您有什么建议吗?谢谢~

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发表于 Post on 2022-7-2 14:48:57 | 只看该作者 Only view this author
Kelly00 发表于 2022-7-2 06:14
社长,我想研究卟啉镍结构、Mayer键级、活性位点等性质,选用泛函基组是TPSSH/6-311g**。在探究电场对卟 ...

建议检查一下是不是加弥散过后SCF收敛到了另一个波函数。有时候体系有两个SCF波函数,当你改变理论级别以后,可能就会收敛到另外一个波函数,这时应该通过交换轨道次序等方法,强制让计算收敛到你要的那个波函数
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