在寻找过渡金属配合物过渡态的过程中为什么结构的两个甲基一直在旋转

LZLLLL · 发表于 Post on 2019-9-19 17:08:31

各位老师好，我在用高斯09做过渡金属配合物过渡态的时候，看优化过程发现有两个甲基在寻找过渡态的时候一直在旋转，而且能量变化不大，请问这是什么情况呢，该如何避免这种情况的发生呢？

下面是我的输入文件和输出文件。

柒月小鱼 · 发表于 Post on 2019-9-19 20:09:58

结构找错（你做一下IRC就知道了）
重新找吧

LZLLLL · 发表于 Post on 2019-9-19 20:32:49

柒月小鱼发表于 2019-9-19 20:09
结构找错（你做一下IRC就知道了）
重新找吧

好的，谢谢您。
甲基一直旋转的话大概率是结构找的不对的意思吗？

mutron · 发表于 Post on 2019-9-19 20:58:56

本帖最后由 mutron 于 2019-9-19 21:42 编辑

这是自由基聚合的过渡态吗？用tsmonitor看了一下你的输出文件，前两个内坐标都是二面角，很有可能找错了，你可以最后做个freq看看虚频振动方向。至于甲基一直在转动，首先你应该先找出极小点（比如反应物），然后再找你想要的过渡态，不然你最后得到的是很多其它不相关的虚频，比如甲基氢的二面角等（甲基转动）。如果极小点也一直出现甲基不停转动甚至最后算出来有甲基转动的虚频，尝试读取算频率时候的力常数再优化、增大格点、减少步长（maxstep=5）

这种大小的体系推荐先用xtb找出极小点以及过渡态作为初猜，然后再用DFT续算：将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 http://sobereva.com/421
xtb速度飞快，十来分钟就找到TS和算IRC了。开壳层DFT续算的时候最好先算个单点 stable=opt，然后读取上一步得到的稳定的波函数再算力常数

LZLLLL · 发表于 Post on 2019-9-20 08:45:15

mutron 发表于 2019-9-19 20:58
这是自由基聚合的过渡态吗？用tsmonitor看了一下你的输出文件，前两个内坐标都是二面角，很有可能找错了， ...

好的，谢谢您的指教

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