计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8173|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[NAMD] NAMD与Gaussian的interface问题

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

37

eV
积分
40

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
NAMD的官网里面有Hybrid QM/MM 的Gaussian接口,是NAMD里面的一个脚本文件run_gaussian.py,但是我在用QwikMD准备的结构跑QM/MM MD时脚本卡在这个地方跑不下去了,也没有出现报错中断,这是什么问题呢?向各位老师请教。
卡住的地方,脚本在这之后用top查看一直都在运行,但没有生成预期的“*.input.result”文件。
TCL: Minimizing for 100 steps
Info: List of ranks running QM simulations: 0.
Sum of the charges:  -1.000001999999999
Gaussian self energy of the charges:  -15.7968446688
SCF energy:  -106152.811562
修改Gaussian执行路径和关键字的文件:

run_gaussian.py

7.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

1170

帖子

7

威望

6856

eV
积分
8166

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2019-9-25 11:18:08 | 只看该作者 Only view this author
不建议用这个脚本,建议用内置的QM/MM界面用NAMD连接Orca(况且用高斯多慢啊)

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 05:03 , Processed in 0.224305 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list