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[GROMACS] GROMACS 2020预览版出了

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发表于 Post on 2019-9-26 11:30:45 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
官方宣称的主要改进,我觉得意义都不太大,比较失望
  • Density-guided simulations allow “fitting” atoms into three-dimensionaldensity maps.
  • Inclusion of gmxapi 0.1, an API and user interface for managingcomplex simulations, data flow, and pluggable molecular dynamics extension code.
  • New modular simulator that can be built from individual objects describing differentcalculations happening at each simulation step.
  • Parrinello-Rahman pressure coupling is now also available for the md-vv integrator.

具体说明见http://manual.gromacs.org/documentation/2020-beta1/release-notes/2020/major/features.html

第一条就是在计算时给粒子施加力,使得最终的粒子分布和事先提供的密度分布有相似性。实际意义有限
gmxapi那个就是增加模拟流程和数据的可控性,对于大部分用户也没太大意义

加入了两个新工具convert-trj和extract-cluster,也没太大重要性 http://manual.gromacs.org/documentation/2020-beta1/release-notes/2020/major/tools.html

2020巨坑的是居然把group cut-off给砍了,导致好多功能用不了了
The group cut-off scheme has been removed. Several kinds of simulationthat depend on it no longer work.
  • Simulations under vacuum conditions are not supported.
  • User supplied tables for short-range nonbonded interactions are not supported.
  • Switched short-range nonbonded interactions with PME are not supported.
  • Membrane embedding is deactivated.
  • QMMM is not supported.

不仅没加入有用的功能,倒把原先重要、很多人需要的地方割了,不知什么心态。之前2019把溶剂模型给砍了就很无语,这回又变本加厉。

另外还砍了几个没人用的小工具anadock、dyndom、morph。

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发表于 Post on 2019-9-26 11:34:17 | 显示全部楼层 Show all
还是跟着社长大大学习靠谱,看东西一针见血~

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发表于 Post on 2019-9-26 13:14:35 | 显示全部楼层 Show all
这一点还真不如amber

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发表于 Post on 2019-9-26 14:06:21 | 显示全部楼层 Show all
不是砍不砍的问题,没人维护的工具放上去没多大意义。

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发表于 Post on 2019-9-26 14:17:24 | 显示全部楼层 Show all
去年冬天一个会上,我们问了他们的开发者,他们说要把Group逐步干掉,全都迁移到Verlet上去。现在这个目标大概算是完成了一半?

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发表于 Post on 2019-9-26 16:16:34 | 显示全部楼层 Show all
要把Group逐步干掉,全都迁移到Verlet上去。
但迁移到Verlet上去進展緩慢怎麼辦?
那就把group砍掉吧 這樣我們就有重大進展了

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发表于 Post on 2019-9-26 21:10:23 | 显示全部楼层 Show all
sob可以考虑用NAMD啊
穷了,试试接论文润色+修改建议,直接私信

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-27 03:00:09 | 显示全部楼层 Show all
fhh2626 发表于 2019-9-26 21:10
sob可以考虑用NAMD啊

对我来说替换成本高,而且目前没有刚性需求
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发表于 Post on 2019-9-27 04:02:11 | 显示全部楼层 Show all
fhh2626 发表于 2019-9-26 21:10
sob可以考虑用NAMD啊

namd是不是干脆还没有verlet?

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发表于 Post on 2019-9-27 10:11:54 | 显示全部楼层 Show all
KiritsuguPapa 发表于 2019-9-27 04:02
namd是不是干脆还没有verlet?

Langevin挺好的,真的

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发表于 Post on 2019-9-28 23:14:04 | 显示全部楼层 Show all
k64_cc 发表于 2019-9-27 10:11
Langevin挺好的,真的

你是指Langevin dynamics?(gromacs的sd?) 我是问namd是不是没有verlet的neighberlist cut-off?前两天想对应一下namd和gromacs的输入文件 不过没看到namd的cutoff有什么可选的scheme 我猜namd是用的group?

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发表于 Post on 2019-10-13 16:08:06 | 显示全部楼层 Show all
1.fitting atoms into density map可能会对做自组装的人有用。
2.新加入的两个命令就是为了替代gmx trjconv吗?感觉意义不大啊。
3.“Simulations under vacuum conditions are not supported.”
真这样的话构建体系会超级不便啊。

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