DFT计算气体分子在表面吸附及后续分解过程的审稿意见求助

SAI · 发表于 Post on 2019-9-27 15:47:06

我在文中用DFT计算了气体分子在表面吸附以及后续的分解过程，收到的审稿意见其中有一条：
While extensive structures (S1-S5) were included in the study, it is not clear how the evolving of the steric conformation of the gas molecule was described to satisfy the ensemble energy minimization. In reviewer's personal opinion, accurate study of such complicated configuration/conformation shall need additional tool like Molecular Dynamics.
其中S1-S5是我考虑气体相对于表面的不同朝向，但是审稿人似乎认为初始构型还不足以说明问题。请问这里他所说的steric conformation该怎么理解，并且针对此问题我该做怎样的MD模拟呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-28 03:29:31

没有具体结构图不好说。也许是怀疑你当前吸附结构中存在一些明显位阻，导致对应的不是能量极小点，做MD的话可以让结构自发弛豫开。如果MD后没有结构显著变化，或者有其它结构出现但没有比你算的能量更低的、更靠谱的，那之前的计算就没问题

SAI · 发表于 Post on 2019-9-28 11:16:10

sobereva 发表于 2019-9-28 03:29
没有具体结构图不好说。也许是怀疑你当前吸附结构中存在一些明显位阻，导致对应的不是能量极小点，做MD的话 ...

我计算的表面是ZnO,气体是七氟异丁腈。最开始我以为审稿人是质疑我的初始构型考虑得还不够多，本来是打算把表面扩大后在盒子里多放一些气体分子跑MD看看吸附的情况。看了sob老师分析，我现在应该是在优化后的构型的基础上，再跑一跑MD，让它弛豫开来，以说明我得到的结构的合理性。当前有一个问题就是对这个气体似乎没有合适的力场参数，而我的DFT计算是用Dmol3完成的，后续的话能否用优化后的构型用Dmol3做Dynamics任务计算呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-29 02:33:18

SAI 发表于 2019-9-28 11:16
我计算的表面是ZnO,气体是七氟异丁腈。最开始我以为审稿人是质疑我的初始构型考虑得还不够多，本来是打算 ...

我就是说用Dmol3来做AIMD，不是让你用经典力场跑MD

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合讨论] DFT计算气体分子在表面吸附及后续分解过程的审稿意见求助

浏览过的版块