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[波函数分析求助] 使用Multiwfn绘制ELF等值面图的问题

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 suosuosky 于 2019-10-7 22:42 编辑

请问老师,我想考察Z分子对X-Y分子间作用(为B...N)的影响,从作用能看:
(1)没有Z分子前,X-Y分子的作用能为-19kcal/mol  (AIM分析BCP处H=-0.04)
(2)加上Z分子后(Z与Y的另外的取代基发生作用),优化构型后计算X..Y的分子间作用为-7kcal/mol。(AIM分析BCP处H=0.0001)

请问sob老师,我的问题是:
1-我想通过ELF等值面图进一步查看。结果如两图所示。我不清楚所作图中B...N的ELF等值面图是否可以反映下面的说法:由于Z分子的作用,使得原来的X...Y的强的具有部分共价性质的作用变成了非共价作用?或者是否还有其他的工具做进一步分析。
2-您之前ppt中关于NH3BF3如图3所示,如何从ELF等值面图中比较清晰的说明分子间作用是否有共价性质?,箭头所指的区域是什么呢?我不清楚分子间的蓝色和原子周围的蓝色如何区分?
谢谢老师!

X...Y

X...Y

X...Y...Z

X...Y...Z

NH3BF3

NH3BF3

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
1 ELF图对这点体现得不是特别清楚。绘制密度差图可能明显更能清楚说明问题。另外键级也很值得使用。

2 三个箭头都是标注的1s轨道和价层轨道之间的间隔区域
这个幻灯片里有很多图例可以参考
幻灯片:Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
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 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-10-8 07:55
1 ELF图对这点体现得不是特别清楚。绘制密度差图可能明显更能清楚说明问题。另外键级也很值得使用。

2  ...

谢谢老师的回复!

请问老师NH3BF3体系中,ELF图中B和N之间是否算是具有共价性质的作用?
附件的输出文件是ELF图对应的体系结构,理论上B...N之间作用于您给的ELF示例图中作用比较相似,但是我不太会如何从ELF图判断分子间作用的变化。


X...Y.log

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X...Y

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
NH3BF3里的B-N是典型的共价作用,只不过是配位键。靠变形密度、BCP的势能密度等方式都能判断这是共价作用。从ELF上也能看出B-N之间是高定域性区域

我不知道你的结构怎么优化的。光是你产生波函数的方式就明显不对,你做B2PLYP双杂化计算如果还直接用fch当做Multiwfn的输入文件的话,实际上分析的是B2LYP波函数(B2PLYP中的杂化泛函部分),根本没法用。
要么用普通泛函产生波函数,要么双杂化泛函计算时加上density,参考此文里说的产生后HF波函数的过程
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-10-10 00:12
NH3BF3里的B-N是典型的共价作用,只不过是配位键。靠变形密度、BCP的势能密度等方式都能判断这是共价作用。 ...

谢谢老师的回复。
1-老师,我在优化构型的时候使用的是B3LYP-D3/6-311+g**水平,前面所列出的波函数分析所使用的wfn文件也是在这个水平上得到的。请问老师在这个水平上得到的wfn文件进行AIM和ELF分析等,精确度可以满足分析要求吗?

2-如果需要在·双杂化泛函的基础上分析,我使用的是G16,是否可以不用加density,我看您的帖子里写“因为程序只要看到out=wfn,就默认用了density关键词。”

3-从上面的ELF图来看,感觉X..Y的B-N之间和您的帖子中NH3-BF3的B-N之间的ELF图很像,不知道我理解的是否正确。是否都可以看做共价作用?而且X...Y的B..N处BCP处H=-0.04。

谢谢老师。

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
suosuosky 发表于 2019-10-10 10:54
谢谢老师的回复。
1-老师,我在优化构型的时候使用的是B3LYP-D3/6-311+g**水平,前面所列出的波函数分析 ...

1 可以

2 可以

3 可以
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