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[CPMD] 模拟分子筛在盐水溶液体系模型的问题

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发表于 2019-10-9 16:58:29 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好,
最近想做金属盐溶液在分子筛孔道内扩散,和金属离子运动过程中自由能变化的工作,请问我该如何建立模型呢,是不是可以直接在已有的周期性体系中直接加入水分子和金属盐?就像这个图1显示的?这样的体系是用VASP算,还是用CP2K算呢?计算过程该怎样设定呢,请老师们指点迷津!非常感谢!

图1

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 楼主| 发表于 2019-10-9 16:59:57 | 显示全部楼层
如果单纯这些水分子放在这个胞里的话,密度大约是1g/cm3

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发表于 2019-10-18 16:12:37 | 显示全部楼层
试探着回答一下。
可直接加水和无机盐。但是加的水一开始符合波尔兹曼分布比较好,你的应该是手动加上的吧。木有看到金属盐,注意盐浓度要求。
VASP和CP2K都可以吧,具体操作,我也关注一下。

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 楼主| 发表于 2019-10-19 15:04:59 | 显示全部楼层
朙天儿 发表于 2019-10-18 16:12
试探着回答一下。
可直接加水和无机盐。但是加的水一开始符合波尔兹曼分布比较好,你的应该是手动加上的吧 ...

好的,谢谢!我的水确实是手动加上去的。我的模型是用MS建的,不知道如何在已有的分子筛模型中加盐溶液,请问您有相关经验吗?

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发表于 2019-10-19 15:48:52 | 显示全部楼层
可以用相关模块建立盐溶液,直接复制平移到分子筛晶胞中就可以。
MS里可以先新建一个水分子,再建一个盐分子。然后Modules>Amorphous Cell>Calculation 研究一下。

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 楼主| 发表于 2019-10-19 16:00:14 | 显示全部楼层
朙天儿 发表于 2019-10-19 15:48
可以用相关模块建立盐溶液,直接复制平移到分子筛晶胞中就可以。
MS里可以先新建一个水分子,再建一个盐分 ...

好的,谢谢!我试一下,我之前也想着Amorphous建立水盒子,然后平移到分子筛晶胞中,但是复制过去后会自动复制成几倍的水分子,非常奇怪。

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发表于 2019-10-19 16:01:10 | 显示全部楼层
应该是对称性的问题。

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发表于 2019-10-19 16:19:25 | 显示全部楼层
对了,社长博文里有这样一句话供参考。
程序里的Amorphous Cell的用处和Packmol颇有类似之处,但远远不及Packmol灵活、强大。


分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

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 楼主| 发表于 2019-10-19 16:33:23 | 显示全部楼层
朙天儿 发表于 2019-10-19 16:19
对了,社长博文里有这样一句话供参考。

谢谢!我认真研究一下这篇文章!
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