量化结构优化中芳香环上的NH2与环非平面的问题

enthalpy · 发表于 Post on 2019-10-10 14:31:00

本帖最后由 enthalpy 于 2019-10-10 14:35 编辑

大家好，向大家请教一个量化优化小分子的问题，该分子的结构类似与鸟嘌呤（G base，见图）。所用软件为G-09RevE，计算参数为opt b3lyp/cc-pVTZ scrf=(smd,solvent=water)，电荷和自旋多重度分别为0 和1。结构优化后，通过类似的方法进行频率分析确认它是能量最小点的结构。但是发现NH2与C2不在一个平面，约24度左右；而且H1-N2-H2 的夹角为115度。但是作为对比，相同方法对鸟嘌呤优化后，该对应的结构为共平面，而且H1-N2-H2 的夹角为120度。请问，这两个类似分子上NH2-C2的结构差别是否可能是分子本身内禀的性质决定的，而不是计算不合理产生的？大家有什么建议吗？谢谢各位！

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-10 15:10:10

cc-pVTZ别给普通泛函用
改用更合理的M06-2X/def2-TZVPP再次优化，如果还是这样，说明真实情况就是如此

enthalpy · 发表于 Post on 2019-10-10 17:10:42

谢谢sob老师！根据你的建议，我试试看。

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2019-10-13 03:06:38

楼主不会是想算RESP电荷吧？

enthalpy · 发表于 Post on 2019-10-18 12:56:03

sobereva 发表于 2019-10-10 15:10
cc-pVTZ别给普通泛函用
改用更合理的M06-2X/def2-TZVPP再次优化，如果还是这样，说明真实情况就是如此

不好意思，现在才更新。按照sob老师的建议，我重新优化了结构。从新结果看，该分子的芳香环上的NH2的确不与环共平面。再次谢谢sob老师。

enthalpy · 发表于 Post on 2019-10-18 12:57:57

Daniel_Arndt 发表于 2019-10-13 03:06
楼主不会是想算RESP电荷吧？

你猜得对，我的确是要算RESP。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 量化结构优化中芳香环上的NH2与环非平面的问题

浏览过的版块